计算化学公社

标题: 如何使用Gromacs对细菌细胞膜和抗菌肽进行分子动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: lllnnn 时间: 2024-8-2 09:48
标题: 如何使用Gromacs对细菌细胞膜和抗菌肽进行分子动力学模拟
刚开始接触这一块，请问有没有细菌细胞膜与抗菌肽的动力学模拟的教程啊，我是想把抗菌肽放在膜结构的上方（不是插入）来进行模拟。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-4 08:02
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里面有蛋白质和膜模拟的例子，还有膜+蛋白质的例子。蛋白质不嵌入膜明显比嵌入时更简单，把pdb2gmx产生的蛋白质的itp文件和现成的磷脂分子的itp都引入top文件，把蛋白质放到膜上头合适的位置并加水得到结构就完了。如果这还理解不了，需要通过培训完整系统学习一遍gromacs的规则和逻辑。

作者
Author: lllnnn 时间: 2024-8-21 09:13
蟹蟹老师！

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