计算化学公社

标题: 求助：Dmol3结构优化含过渡金属的大体系，多次不收敛，请问一下哪里设置得不合理？ [打印本页]

作者
Author: fuhua 时间: 2024-8-3 07:35
标题: 求助：Dmol3结构优化含过渡金属的大体系，多次不收敛，请问一下哪里设置得不合理？
本帖最后由 fuhua 于 2024-8-3 09:01 编辑

输入信息如下：
# Task parameters
Calculate                   optimize
Opt_energy_convergence       2.0000e-05
Opt_gradient_convergence    4.0000e-03 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-03 A
Opt_iterations             75
Opt_max_displacement       0.3000 A
Initial_hessian             improved
Symmetry                   on
Max_memory                   2048
File_usage                   smart
Scf_density_convergence    1.000000e-05
Scf_charge_mixing          2.000000e-01
Scf_diis                   6 pulay
Scf_iterations             200

# Electronic parameters
Spin_polarization          restricted
Charge                      0
Basis                      dnp
Pseudopotential             none
Functional                   gga(p91)
Aux_density                hexadecapole
Integration_grid             medium
Occupation                   thermal 0.0050
Cutoff_Global                4.5000 angstrom

# Calculated properties
输入后的收敛趋势如下图所示。
(, 下载次数 Times of downloads: 45)
.outmol文件最后一行的收敛信息如下图所示：
(, 下载次数 Times of downloads: 43)
底物结构如图所示，然后又在底物上加了一个有机分子一起优化的，请问一下是哪里设置得不合理导致的不收敛。用的DMOL3模块，PW91、PBE泛函都试过，DND、DNP基组也都试了，最大迭代次数50、100也都试过，SCF循环次数100、200、250也都试过，use smearing 0.005、0.01也都试过，全电子、赝势DSCP也试过，加色散矫正OBS、TS也都试过，产物加上一个正电荷以及不加也都试过，核数也开到了服务器的最大70多核，经过了十几次优化结构都不收敛，请问一下是什么原因呢，有没有大神帮忙解答一下？感谢啦~
(, 下载次数 Times of downloads: 48)

作者
Author: fuhua 时间: 2024-8-3 07:43
本帖最后由 fuhua 于 2024-8-3 09:03 编辑

status文件如下图
(, 下载次数 Times of downloads: 44)

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-8-3 11:58

fuhua 发表于 2024-8-3 07:43
status文件如下图

结构优化不收敛你去改smearing和赝势和SCF的步数并没有啥作用。你可能得先考虑一下你的结构本身是不是一个合理的结构。

作者
Author: fuhua 时间: 2024-8-3 14:37

卡开发发发表于 2024-8-3 11:58
结构优化不收敛你去改smearing和赝势和SCF的步数并没有啥作用。你可能得先考虑一下你的结构本身是不是一 ...

嗯好的谢谢您~ 我再仔细检查调整一下自己的产物结构再看看能不能收敛

作者
Author: fuhua 时间: 2024-8-3 17:16
检查后发现羰基氧被拉长后，碳原子应该带一个正电荷，于是我给产物的碳原子加上了一个形式电荷，我想再请问一下，形式电荷在properties里面加了之后，还需要在结构优化的面板上的charge上面输入吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-8-3 20:54

fuhua 发表于 2024-8-3 17:16
检查后发现羰基氧被拉长后，碳原子应该带一个正电荷，于是我给产物的碳原子加上了一个形式电荷，我想再请问 ...

1、对于量子化学方法而言，严格说只能整体加。
2、你体系到底带多少电荷，是不是自由基，有没有未配对电子，这些通过基础化学知识就可以判断，也应当要判断。
3、目前尽可能不要用LDA类型的交换关联泛函，LDA类型的泛函会高估键能。（虽然LDA在特定场景有应用，但如果你不是很了解这种情况建议不要使用）。
4、这种体系DMol3效率很低，建议使用Gaussian或者ORCA来算，你需要补充一些基础。

作者
Author: fuhua 时间: 2024-8-3 21:20

卡开发发发表于 2024-8-3 20:54
1、对于量子化学方法而言，严格说只能整体加。
2、你体系到底带多少电荷，是不是自由基，有没有未配对电 ...

好的好的非常感谢~ 下一步打算换泛函试一下然后再用高斯试一下~谢谢您~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-8-3 21:25

fuhua 发表于 2024-8-3 21:20
好的好的非常感谢~ 下一步打算换泛函试一下然后再用高斯试一下~谢谢您~

建议直接更换Gaussian或者ORCA，这么大点的体系DMol3基本效率上跑不出什么优势来，而且有条件应该使用杂化泛函和更大的基组。

作者
Author: fuhua 时间: 2024-8-3 21:48

卡开发发发表于 2024-8-3 21:25
建议直接更换Gaussian或者ORCA，这么大点的体系DMol3基本效率上跑不出什么优势来，而且有条件应该使用杂 ...

好嘞好嘞非常感谢~

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)