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标题: 如何在碳酸钙晶体表面负载官能团（如羟基），是放置表面后几何优化还是使用吸附定位器 [打印本页]

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Author: Carterby 时间: 2024-8-3 12:09
标题: 如何在碳酸钙晶体表面负载官能团（如羟基），是放置表面后几何优化还是使用吸附定位器
本帖最后由 Carterby 于 2024-8-3 12:12 编辑

各位老师好，本人是非科班出身，自学了一些MS相关的基础知识，目前想要借助MD模拟验证/解释试验中一些现象，在用MS模拟时遇到了一些问题，想来请教各位大佬看看，问题如下：

目的：借助MS，对比碳酸钙晶体负载官能团后，其吸附重金属污染溶液中锌离子/镍离子的吸附能，同时探究它们的吸附构型

遇到的问题：

（1）如何在碳酸钙表面负载官能团（以羟基为例），目前想到的有两种解决途径，①将羟基复制粘贴到碳酸钙{1 0 4}晶面（已经过几何优化等前处理）表层，进行几何优化；②利用adsorption locator，将羟基作为吸附质吸附到碳酸钙{1 0 4}晶面基底上。尝试过这两种方法后，发现负载后羟基的位置并不一样，并且在后续吸附重金属离子时，得到的吸附能也有较大差异。不太清楚是什么原因？

（2）如何比较碳酸钙对重金属污染液中的锌离子和镍离子吸附能？目前我采用的模拟步骤为：①碳酸钙{1 0 4}晶面 forcite 几何优化，力场选择universal（由于adsorption locator中要求吸附基底设置和吸附质一样，镍离子目前只找到universal 力场合适）；②构建镍离子模型，赋予电荷+2；③adsorption locator模块计算，力场采用的是universal，电荷是use current，静电势为Ewald。模拟碳酸钙表面吸附锌离子的设置完全同上，但模拟得到的吸附能是镍(-83.77 kCal)大于锌(-70.6 kCal)，这与我的实验结果/文献中的实验结果截然相反，百思不得其解，想请教下各位老师是啥原因？

真心感谢各位老师的回答，同时也希望有老师可以告知如何从基础学起，有没有什么相关书籍/文献可以阅读？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-4 08:36
算吸附能通常应当用DFT，比UFF等普适性的分子力场准确性强太多了
M$又贵又慢又不灵活，业内很少有人拿它做研究（看下面的流行度对比），不打算买M$的话也没法发文章，学了也白学
2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
http://sobereva.com/706（http://bbs.keinsci.com/thread-45272-1-1.html）

非常建议通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）系统性学一遍，理论知识、程序用法全都讲得很全面详细还给了巨量例子，举一反三就能研究这类问题，比自己靠啃书、文献并一点点摸索程序学效率高太多了。

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