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标题: 蛋白配体复合物体系在模拟50ns后根据轨迹生成的RMSD曲线图中，曲线出现异常波动 [打印本页]

作者
Author: 12313 时间: 2024-8-4 15:11
标题: 蛋白配体复合物体系在模拟50ns后根据轨迹生成的RMSD曲线图中，曲线出现异常波动
各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物体系，使用gromacs进行了50ns的模拟后，对RMSD值进行了计算，如图所示，但是出现了异常大的波动，想问一下各位老师是什么原因？
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-4 22:14
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html）

老生常谈的问题，仔细看上文

作者
Author: 12313 时间: 2024-8-5 10:26
本帖最后由 12313 于 2024-8-5 10:35 编辑

sobereva 发表于 2024-8-4 22:14
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com ...

老师，您的意思是如果用VMD计算RMSD的话，可以避免出现上述情况吗？因为我是通过gmx rms命令来计算的

作者
Author: 12313 时间: 2024-8-6 13:54
标题: 如何解释蛋白配体复合物体系模拟后，rmsd曲线陡升陡降的现象
各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，在使用gromacs模拟50ns后，使用gmx rms指令生成了rmsd曲线图如下，那该如何解释这一现象，并且又该怎么消除这一现象呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 26)

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-8-6 17:44
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-8-6 17:48 编辑

看轨迹才知道怎么回事
大概率是消除PBC的时候受体和配体跑到盒子两侧
公社里有大量关于此类问题的帖子，搜索一下应该能找到

作者
Author: 12313 时间: 2024-8-7 13:48

Seyilaxa 发表于 2024-8-6 17:44
看轨迹才知道怎么回事
大概率是消除PBC的时候受体和配体跑到盒子两侧
公社里有大量关于此类问题的帖子， ...

好的谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-8 05:31

12313 发表于 2024-8-6 13:54
各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，在使用gromacs模拟50ns后，使用gmx rms指令生成了rmsd曲线图如下， ...

同一个问题不得发两个帖子，不要破坏论坛秩序
这次给你合并了，下次发现将永久禁言处理！

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