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标题: 求助，DMol3中关于过渡态计算精度和正确性的问题 [打印本页]

作者
Author: lwj 时间: 2016-12-22 10:55
标题: 求助，DMol3中关于过渡态计算精度和正确性的问题
本帖最后由 lwj 于 2016-12-22 13:56 编辑

1.教程上使用过渡态搜索，然后精修过渡态就结束了，请问过渡态搜索的计算精度是否需要和整个体系计算精度一致，还是精修过渡态时一致即可？
2.使用不同精度进行过渡态搜索得到结果差异很大，如下图，从理论上来说都没问题，但是有人告诉我第一种（medium计算得到的）能量变化曲线对应才能和文献相符，必须是第一种曲线才能证明反应物结构和产物结构正确，否则需要重新调整。请问是否应该这样？
请老师帮忙解答一下，谢谢。
(, 下载次数 Times of downloads: 48) medium精度，Energy of reaction: 2.154 kcal/mol Energy of barrier:76.895 kcal/mol

(, 下载次数 Times of downloads: 41)
fine 精度（K点和阶段半径自定义）Energy of reaction:4.513 kcal/mol Energy of barrier：46.932 kcal/mol

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-12-22 12:27
两个曲线都是同一个反应？

作者
Author: lwj 时间: 2016-12-22 13:52
本帖最后由 lwj 于 2016-12-22 20:29 编辑

zyj19831206 发表于 2016-12-22 12:27
两个曲线都是同一个反应？

是同一个，不同的是使用计算精度

作者
Author: lwj 时间: 2016-12-22 15:04

zyj19831206 发表于 2016-12-22 12:27
两个曲线都是同一个反应？

对比了一下过渡态搜索的两种精度得到反应物和产物的能量、优化结构输出文件的能量和计算已优化的结构单点能，猜测反应能垒受K点，截断半径对计算能量的影响导致反应能差异很大，搜索过渡态时由于能量和收敛条件的差异，导致结果过渡态存在较大的差异。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-12-22 20:52
1、2、建议精度还是用到Fine吧，但LST/QST的收敛标准不见得要采用Fine的标准，Medium就够了，那个收敛标准对于找过渡态确实太严格了，LST/QST其实只是相当于对过渡态做个初猜，过渡态精修的时候调整回Fine的精度就行。
3（对应4#）、影响能量的因素不仅只是k点、截断半径这两个因素，基组和多极展开、smearing、积分精度等都有影响，所以选择的时候务必要慎重，并非只是Medium和Fine这样，必要的话k点等还是要做个测试的，必要的话可能还得做gradient方面的测试。这些参数实际上影响的不仅是能量，还会影响到Force和Hessian。

作者
Author: lwj 时间: 2016-12-23 09:19

卡开发发发表于 2016-12-22 20:52
1、2、建议精度还是用到Fine吧，但LST/QST的收敛标准不见得要采用Fine的标准，Medium就够了，那个收敛标准 ...

好的，谢谢老师。

作者
Author: lwj 时间: 2016-12-23 10:49
本帖最后由 lwj 于 2016-12-23 10:58 编辑

卡开发发发表于 2016-12-22 20:52
1、2、建议精度还是用到Fine吧，但LST/QST的收敛标准不见得要采用Fine的标准，Medium就够了，那个收敛标准 ...

老师，我看教程里没有进行过渡态确认，实际计算中这个操作重要吗？过渡态确认的精度是否需要和精修过渡态一致？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-12-23 13:03

lwj 发表于 2016-12-23 10:49
老师，我看教程里没有进行过渡态确认，实际计算中这个操作重要吗？过渡态确认的精度是否需要和精修过渡态 ...

过渡态确认就是NEB方法做IRC，不过使用的轨迹是你搜索过渡态的轨迹而非精修过程的信息，要保证势能面的一致性，原则上精度肯定得一致。

作者
Author: lwj 时间: 2016-12-23 13:58

卡开发发发表于 2016-12-23 13:03
过渡态确认就是NEB方法做IRC，不过使用的轨迹是你搜索过渡态的轨迹而非精修过程的信息，要保证势能面的一 ...

好的，谢谢您了。

作者
Author: 11223 时间: 2025-4-7 10:14

卡开发发发表于 2016-12-22 20:52
1、2、建议精度还是用到Fine吧，但LST/QST的收敛标准不见得要采用Fine的标准，Medium就够了，那个收敛标准 ...

请问老师在reaction preview时，帧数的不同有什么影响

作者
Author: 卡开发发 时间: 2025-4-8 06:31

11223 发表于 2025-4-7 10:14
请问老师在reaction preview时，帧数的不同有什么影响

有可能会影响到LST过程，最终导致得到的结构可能会有点差别，因为通常LST/QST的收敛会比较宽松。但毕竟这种方法只是提供初猜，所以问题不是很大。

作者
Author: 11223 时间: 2025-4-8 08:58

卡开发发发表于 2025-4-8 06:31
有可能会影响到LST过程，最终导致得到的结构可能会有点差别，因为通常LST/QST的收敛会比较宽松。但毕竟这 ...

好的，谢谢老师回答，麻烦还有一个问题就是在dmol3里用LST/QST搜索到过渡态后，验证有一个虚频并且是指向反应方向的是不是就可以确定是过渡态了，如果不可以确定，还需要做什么

作者
Author: 卡开发发 时间: 2025-4-8 18:12

11223 发表于 2025-4-8 08:58
好的，谢谢老师回答，麻烦还有一个问题就是在dmol3里用LST/QST搜索到过渡态后，验证有一个虚频并且是指向 ...

比较严格的做法需要确定过渡态连接你对应反应的反应物和产物，同时过渡态结构只有一个虚频以及梯度（力）足够小，一般LST/QST很难直接找到过渡态，而且它的收敛标准和结构优化的也不一样，用的是RMS Force而不是Max Force。一般推荐猜得到过渡态结构可以直接算频率，猜不到可以用LST/QST进行初步的搜索（并计算频率），然后进行TS opt。但是MS这里设计矛盾的点在于TS confirm事实上只能针对LST/QST的轨迹而不是TS opt，这就必须另想办法。

作者
Author: 11223 时间: 2025-4-11 16:12

卡开发发发表于 2025-4-8 18:12
比较严格的做法需要确定过渡态连接你对应反应的反应物和产物，同时过渡态结构只有一个虚频以及梯度（力） ...

好的，谢谢老师

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