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标题: 请问如何能够维持这样带有曲率的磷脂膜直到平衡呢？ [打印本页]

作者
Author: Lym 时间: 2024-8-11 18:28
标题: 请问如何能够维持这样带有曲率的磷脂膜直到平衡呢？
1. 当前我想要维持磷脂膜的曲率不发生改变如图A, 但是经过NPT平衡之后出现了B图这样的情况：
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我尝试了给磷脂施加位置限制，比如直接在itp文件中找到inner_leaflet的index然后加位置限制，并且将给磷脂施加压力的方式修改为isotropic方式
itp修改为这样：
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并且在mdp文件中也同样进行了修改：
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请问应该怎样才能维持磷脂膜的曲率不发生改变，还能够令磷脂平衡呢？

作者
Author: Huschein 时间: 2024-8-19 00:20
1.首先感觉B也挺正常的，毕竟纯圆的话要求有点太高了，不过不清楚你要解决什么问题
2.你可以尝试一下逐步放宽限制，比如首先内层外层都限制，然后中间部分限制降低，然后外面也降低，最后再把内层降低，就是分开跑多次模拟，但是感觉还是会变形

作者
Author: Graphite 时间: 2024-8-20 13:37
我也觉得不是纯圆也没什么。毕竟不知道后面跑起来也一直操纵着是否合理。
不过说一个trick：可以试试pull code，反应坐标是点到圆心的距离(r），势能形式是平底势，平底势0点是内外圆中间位置到圆心的距离(r0)，平底宽是内外圆间厚度的一半(记为d)。这样会使得r0 - d< r < r0 + d以外的磷脂膜原子受到额外的力，在此范围内则不受额外力。

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