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标题: 有哪些绘制好看的自由能形貌图的工具？ [打印本页]
作者
Author: 12313    时间: 2024-8-18 21:07
标题: 有哪些绘制好看的自由能形貌图的工具？
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
上面的图片是文献中的插图，感觉非常的好看，但是文献里没有提及是用什么方式绘制的，想问一下有没有大佬知道这是用什么样的工具制作的？
作者
Author: sobereva    时间: 2024-8-18 21:42
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73
作者
Author: 丁越    时间: 2024-8-19 09:00
gnuplot就挺好用，可以用plot with image绘制二维FES，或者set pm3d 绘制地形图。下面是两个脚本你可以参考：

  1. #This script is used to plot relief map with gnuplot.

  3. set term pngcairo enhanced font 'Helvetica,14'
  4. set output 'fes.png'
  5. set pm3d at bs
  6. unset surface
  7. set border 31 lw 1.5
  8. set view 63,50
  9. set xyplane 0.8
  10. set palette rgbformulae 22,13,-31
  11. set cbrange [0:10]
  12. set cbtics mirror font "Helvetica,13"
  13. set xrange [-3.5:3.5]
  14. set yrange [-3.5:3.5]
  15. set xtics -3,1,3 out scale 0.8 nomirror offset -1.3,0 font "Helvetica,13"
  16. set ytics -3,1,3 out scale 0.8 nomirror offset 0.8,0 font "Helvetica,13"
  17. set ztics out scale 0.8 nomirror offset 0.5,0 font "Helvetica,13"
  18. set xlabel 'Phi (rad)' rotate parallel offset 1.3,0 font "Helvetica,14"
  19. set ylabel 'Psi (rad)' rotate parallel offset -1.5,0 font "Helvetica,14"
  20. set zlabel 'Free energy (Kcal/mol)' rotate parallel offset 1,0 font "Helvetica,14"
  21. splot 'fes.dat' u 1:2:3  w l lw 1 not
复制代码
  1. #This script is used to plor 2D free energy surface

  3. set term pngcairo enhanced font 'Helvetica,16'
  4. set output 'FES.png'
  5. set palette defined (0 '#5e4fa2',0.1 '#5e4fa2',0.1 '#3288bd',0.2 '#3288bd',0.2 '#66c2a5',0.3 '#66c2a5',0.3 '#abdda4',0.4'#abdda4',0.4 '#e6f598',0.5 '#e6f598',0.5 '#fee08b',0.6 '#fee08b',0.6 '#fdae61',0.7 '#fdae61',0.8 '#f46d43',0.9 '#f46d43',0.9 '#d53e4f',1.0 '#d53e4f')

  7. #set cbrange [-2.16:3.16]
  8. set xrange [-0.5:2.88]
  9. set yrange [-2.2:3.16]
  10. set border lw 2
  11. set format y "%.1f"
  12. set format x "%.1f"
  13. set format cb "%.1f"
  14. set xtics out nomirror offset 0,0.2 scale 0.8 font "Helvetica,14"
  15. set ytics out nomirror offset 0.2,0 scale 0.8 font "Helvetica,14"
  16. set cbtics out nomirror offset -0.4,0 font "Helvetica,14"
  17. set xlabel 'CV1' offset 0,0.6 font "Helvetica,16"
  18. set ylabel 'CV2' offset 2.0,0 font "Helvetica,16"

  20. set label 1 'A' at 0,-1 front textcolor rgb 'white'
  21. set label 2 'B' at 1,-0.8 front textcolor rgb 'white'
  22. set label 3 'C' at 2.1,0.3 front textcolor rgb 'white'
  23. set label 4 'D' at 2.1,1.8 front textcolor rgb 'white'

  25. plot 'fes.dat' u 1:2:3  w image not, 'mep.dat' u 1:2:3 w l lw 2 lc rgb 'dark-blue' not, 'points.dat' u 1:2 w p ps 1.5 pt 7 lc rgb 'dark-blue' not

复制代码


作者
Author: lyj714    时间: 2024-8-19 13:37
本帖最后由 lyj714 于 2024-8-19 13:39 编辑

自己用python画一个就完事了。
现成的也可以用DuIvyTools绘图对应的xpm。
作者
Author: 12313    时间: 2024-8-19 15:33
丁越 发表于 2024-8-19 09:00
gnuplot就挺好用，可以用plot with image绘制二维FES，或者set pm3d 绘制地形图。下面是两个脚本你可以参考 ...

谢谢您，请问使用时，输入文件可以是xpm格式吗
作者
Author: 12313    时间: 2024-8-19 15:33
lyj714 发表于 2024-8-19 13:37
自己用python画一个就完事了。
现成的也可以用DuIvyTools绘图对应的xpm。

谢谢谢谢
作者
Author: 丁越    时间: 2024-8-20 08:58
12313 发表于 2024-8-19 15:33
谢谢您，请问使用时，输入文件可以是xpm格式吗

不能，就通常的多列数据文件。你可以参考（http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html）把xpm的数据格式转化一下。
作者
Author: 12313    时间: 2024-8-20 10:56
丁越 发表于 2024-8-20 08:58
不能，就通常的多列数据文件。你可以参考（http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html）把xpm的数据 ...

请问是转化成含有xyz三列数据的文本文件吗？这个链接里面的脚本我之前下载过，但总是运行出错
作者
Author: 乐平    时间: 2024-8-20 12:14
如果有数据， Origin 是最容易上手的绘图工具。
作者
Author: 丁越    时间: 2024-8-20 15:41
12313 发表于 2024-8-20 10:56
请问是转化成含有xyz三列数据的文本文件吗？这个链接里面的脚本我之前下载过，但总是运行出错

是。

是你使用有问题，把numpy, matplotlib装上（如果你装了anaconda的话这些正常都有），运行python plot_xpm.py xxx.xmp就可以了。
作者
Author: 12313    时间: 2024-8-20 19:54
乐平 发表于 2024-8-20 12:14
如果有数据， Origin 是最容易上手的绘图工具。

好的谢谢老师
作者
Author: 12313    时间: 2024-8-20 20:10
丁越 发表于 2024-8-20 15:41
是。

是你使用有问题，把numpy, matplotlib装上（如果你装了anaconda的话这些正常都有），运行python  ...

老师，numpy和matplotlib我电脑里都有，但是没有装anaconda，我进行的命令就是python plot_xpm.py gibbs.xpm,但是总是出错，如下图
(, 下载次数 Times of downloads: 24)
作者
Author: Huschein    时间: 2024-8-21 01:16
三维的话就origin 如果只是密度散点，那么py即可
作者
Author: 12313    时间: 2024-8-21 10:01
Huschein 发表于 2024-8-21 01:16
三维的话就origin 如果只是密度散点，那么py即可

谢谢老师
作者
Author: 12313    时间: 2024-8-21 10:02
lyj714 发表于 2024-8-19 13:37
自己用python画一个就完事了。
现成的也可以用DuIvyTools绘图对应的xpm。

谢谢老师
作者
Author: 12313    时间: 2024-8-21 10:02
乐平 发表于 2024-8-20 12:14
如果有数据， Origin 是最容易上手的绘图工具。

谢谢老师
作者
Author: Kiteliberator    时间: 2024-12-2 10:25
丁越 发表于 2024-8-19 09:00
gnuplot就挺好用，可以用plot with image绘制二维FES，或者set pm3d 绘制地形图。下面是两个脚本你可以参考 ...

牛的
作者
Author: Kiteliberator    时间: 2024-12-9 10:22
12313 发表于 2024-8-20 20:10
老师，numpy和matplotlib我电脑里都有，但是没有装anaconda，我进行的命令就是python plot_xpm.py gibbs. ...

我的情况和你一样，请问您这个问题解决了嘛



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