计算化学公社

标题: 在服务器进行ADNDP分析求助 [打印本页]

作者
Author: dreamyeye 时间: 2024-8-19 18:22
标题: 在服务器进行ADNDP分析求助
计算了一个体系的adndp，体系大小83个原子，手算了一下，6c-2e轨道要有4亿多个，算的比较慢，好几天都没算完，也不知道进展，想用linux版multiwfn算，但是算了几天，也没算完，远程使用ssh登陆服务器（服务器不在身边，只能远程登陆），不敢中断远程连接，一旦中断连接，好像计算就终止或者没法查看计算结果了，都要重头来一次，想问问不知有没有办法，在中断连接或者断开连接后，重新登陆服务器，还能继续读取计算结果，或者继续查看计算进展。

作者
Author: Dempey 时间: 2024-8-19 20:57
tmux或screen，安装很方便

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-20 23:49
不要试图对所有原子搜索六中心轨道，这根本算不动，过于粗暴
正确做法是让Multiwfn对有可能存在六中心共轭的区域搜索六中心轨道，这些原子的数目远远少于83个。如果缺乏化学直觉，对于AdNDP考察多中心pi作用的情况，可以先按下文用LOL-pi简单判断哪些位置存在pi共轭
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432（http://bbs.keinsci.com/thread-10610-1-1.html）

作者
Author: dreamyeye 时间: 2024-8-21 07:22

sobereva 发表于 2024-8-20 23:49
不要试图对所有原子搜索六中心轨道，这根本算不动，过于粗暴
正确做法是让Multiwfn对有可能存在六中心共轭 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: dreamyeye 时间: 2025-8-14 09:15
本帖最后由 dreamyeye 于 2025-8-14 09:43 编辑

sobereva 发表于 2024-8-20 23:49
不要试图对所有原子搜索六中心轨道，这根本算不动，过于粗暴
正确做法是让Multiwfn对有可能存在六中心共轭 ...

sob老师好，我再看您当时的回复，“对于可能存在6中心共轭的区域搜索6中心轨道”这个操作，我想了3种实现方法：
1是在一个轨道不挑的情况下直接使用功能1，在6个原子间搜索6中心轨道，这样6中心轨道很多，感觉好像不对
2是在整个体系挑完所有5中心轨道的情况下使用功能1，在6个原子间挑6中心轨道，这样好像占据数又非常低，1个也挑不出来
3是在中间某个环节使用功能1在6个原子间挑6中心轨道，但想不出是在哪个节点，比如是挑完整个体系的1、2中心轨道后挑？但好像没找到理论上的支持
不知怎样合适？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-14 21:58

dreamyeye 发表于 2025-8-14 09:15
sob老师好，我再看您当时的回复，“对于可能存在6中心共轭的区域搜索6中心轨道”这个操作，我想了3种实现 ...

使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138

效仿里面菲分子例子就完了

作者
Author: dreamyeye 时间: 2025-8-15 09:32

sobereva 发表于 2025-8-14 21:58
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138

谢谢sob老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)