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标题: 蛋白和多肽配体复合物体系通过gmx make_ndx进行分组的问题 [打印本页]

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Author: 12313 时间: 2024-8-20 12:05
标题: 蛋白和多肽配体复合物体系通过gmx make_ndx进行分组的问题
各位老师好，我的体系是蛋白和一小段多肽组成的复合物体系，这一小段多肽是作为Protein_chain_B与受体蛋白作为一个整体进行的模拟，但是在使用gmx make_ndx指令进行配体和受体分组时，不知道该怎么办了，想请教一下各位老师。下图是在终端输入gmx make_ndx后的界面
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作者
Author: Graphite 时间: 2024-8-20 13:18
gmx make_ndx只是按照一般的原子类型、距离关系之类的分类，不一定总能自动选出来
你只需要知道你的目标物的原子ID范围，用a 1-100之类的语句选就行了，然后用"name ID 名称"给它个名字

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-8-20 17:08
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-8-20 17:52 编辑

把体系转成pdb格式，然后用make_ndx时就可以直接选择chain A和chain B

作者
Author: 12313 时间: 2024-8-20 19:51

Graphite 发表于 2024-8-20 13:18
gmx make_ndx只是按照一般的原子类型、距离关系之类的分类，不一定总能自动选出来
你只需要知道你的目标物 ...

谢谢老师，但是用"name ID 名称"给名字这个操作我不是很会，比如我的1-74号原子是配体部分，那么我在a 1-74之后，该怎样为它命名呢？

作者
Author: 12313 时间: 2024-8-20 19:53

Seyilaxa 发表于 2024-8-20 17:08
把体系转成pdb格式，然后用make_ndx时就可以直接选择chain A和chain B

能具体说明是把哪个文件转成pdb文件吗，老师，十分感谢。因为我进行的是gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx这个命令，所以我是将em.gro这个文件转成pdb格式吗？

作者
Author: Dempey 时间: 2024-8-20 20:24
gmx make_ndx命令中也可以直接splitch 1，把蛋白质按链分开

作者
Author: 12313 时间: 2024-8-20 21:31

Dempey 发表于 2024-8-20 20:24
gmx make_ndx命令中也可以直接splitch 1，把蛋白质按链分开

谢谢老师

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-8-20 21:47

12313 发表于 2024-8-20 19:53
能具体说明是把哪个文件转成pdb文件吗，老师，十分感谢。因为我进行的是gmx make_ndx -f em.gro -o index ...

模拟完的轨迹文件，用trjconv可以直接输出最后一帧的pdb格式

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