计算化学公社

标题: 求助：如何判断gaussian优化什么时候结束？ [打印本页]

作者
Author: ngaoo 时间: 2024-8-20 17:07
标题: 求助：如何判断gaussian优化什么时候结束？
本帖最后由 ngaoo 于 2024-8-20 18:47 编辑

老师，我的体系是100多个原子构成的结构，使用软件为ubuntu的G16
这是我的gjf文件： (, 下载次数 Times of downloads: 22)

目前正在做igmh分析，现在已经跑了5天了，学生不知道这个结构优化何时才会优化结束？想请问老师是通过RMSD值来进行判断吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2024-8-20 17:29
本帖最后由牧生于 2024-8-20 18:08 编辑

100多原子是多少个，110？190？这个耗时差距比较大哦。
你那个部分gjf文件，有没有删掉别的一些关键信息啊，你说优化，但是没见opt关键词？
你是要优化结构吗？还是想得到波函数文件？我从你的描述来看，你可能是在计算单点能。。
由于我没有高斯，平常都用orca。。以我用orca的经验，如果是在B3LYP D3级别下计算单点能，一般的算100多个原子的有机体系，也就不到一个小时吧。就算高斯慢一点，也不会跑了5天还没结果，你到底在计算什么，结构到底合理吗？
用Multiwfn载入得到的波函数文件进行IGMH分析的话，也花不到一个小时。

所以，你那个跑了5天，到底是高斯跑结构优化花了了5天，还是高斯算单点跑了5天，还是还是Multiwfn做分析跑了5天？到底是个什么结构呢，单纯有机物，还是含有过渡金属，如果有过渡金属，是什么金属，有多少个金属原子？总电荷对不对，自旋多重度对不对？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-8-20 17:29
100多个原子的B3LYP计算用8核13GB过于寒酸，至少得64核150GB才能算得比较舒服。没看见你写的opt关键词，假设你有写，在Linux终端下运行
grep 'Maximum F' xxx.log
查看能量和力的收敛趋势；也可以把log文件载入GaussView查看能量和力的收敛趋势。检查是否有振荡等情况发生。另一方面，所用基组是否合理也应当检查一下。

作者
Author: ngaoo 时间: 2024-8-20 18:42
本帖最后由 ngaoo 于 2024-8-20 18:44 编辑

牧生发表于 2024-8-20 17:29
100多原子是多少个，110？190？这个耗时差距比较大哦。
你那个部分gjf文件，有没有删掉别的一些关键信息啊 ...

老师，帖子已修改
体系为150个原子的单纯有机物，我用高斯跑结构优化花了5天
我想得到波函数文件，然后用来算IGMH
因为我的电脑能给到的最大配置为8核13GB内存

作者
Author: ngaoo 时间: 2024-8-20 18:43

zjxitcc 发表于 2024-8-20 17:29
100多个原子的B3LYP计算用8核13GB过于寒酸，至少得64核150GB才能算得比较舒服。没看见你写的opt关键词，假 ...

老师，帖子已修改，我的电脑能给到的最大配置为8核13GB内存

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-8-20 19:00

ngaoo 发表于 2024-8-20 18:43
老师，帖子已修改，我的电脑能给到的最大配置为8核13GB内存

你需要kill掉你的计算任务，因为它严重不合理，浪费了5天的机时。随手打开gjf文件看了一下，第41, 90, 100号C原子不合理，似乎少了一些氢原子或官能团；有好几个COO-羧酸根似乎没有相应的抗衡离子，但你体系总电荷为0，这合理吗？这里面有几个乙烷分子，这些有必要放进去吗？这些问题你需要仔细思考，然后回答你自己，不是回答我。
以你当前的计算硬件配置而言，用6-311G(d,p)基组过于吃力，应降为6-31G(d,p)。没有必要使用opt=cartesian。

作者
Author: ngaoo 时间: 2024-8-20 19:15

zjxitcc 发表于 2024-8-20 19:00
你需要kill掉你的计算任务，因为它严重不合理，浪费了5天的机时。随手打开gjf文件看了一下，第41, 90, 10 ...

好的，老师，我这是按照sob老师计算igmh博文里面提到的内容做的变化：边界原子为截断处的alpha碳原子，同时在gauss view中加氢饱和，不知道这个有没有问题？

作者
Author: ngaoo 时间: 2024-8-20 19:17

zjxitcc 发表于 2024-8-20 19:00
你需要kill掉你的计算任务，因为它严重不合理，浪费了5天的机时。随手打开gjf文件看了一下，第41, 90, 10 ...

老师，我还有个问题，同样的条件是不是用orca计算这个会快一点

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-8-20 19:18

ngaoo 发表于 2024-8-20 19:15
好的，老师，我这是按照sob老师计算igmh博文里面提到的内容做的变化：边界原子为截断处的alpha碳原子，同 ...

你的描述与你给出的结构不是一回事。有的C原子明显没饱和，至于怎么截断/饱和，需要看原体系长什么样，这个你自己再细心一点就解决了。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-8-20 19:20

ngaoo 发表于 2024-8-20 19:17
老师，我还有个问题，同样的条件是不是用orca计算这个会快一点

结构优化和频率分析建议用Gaussian，高精度单点可以用ORCA。但你要做IGMH分析，这不需要高精度单点计算，使用最后一帧结构的波函数做分析即可。

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