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标题: 在模拟过程中，蛋白发生变形，逐渐蜷成球，我应该怎么处理这个现象？ [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-8-21 09:42
标题: 在模拟过程中，蛋白发生变形，逐渐蜷成球，我应该怎么处理这个现象？
各位老师，我的模型蛋白被研究的很少，没有可参考的文献。在模拟过程中，它会逐渐蜷成一个球形，我应该怎么对待这个问题？之前我的模拟蛋白会通过固定α-C来保证模型不变形（这个方法文献里常用），那这个我是否可以通过类似的方法来固定呢？如果不行，我应该怎么来分析或者处理这个问题（即如何对待蛋白在模拟过程中逐渐变形）？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-21 11:15
用合适的模拟条件和公认理想的力场，该变成什么样就是什么样

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-8-22 16:39
请问什么是合适的模拟条件呢？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-8-23 00:54

Willow0114 发表于 2024-8-22 16:39
请问什么是合适的模拟条件呢？

用普遍被认可的蛋白力场（Amber14sb或CHARMM36），模拟中.mdp的条件与力场原文保持一致
一般来说产生相没有理由再加入任何约束。

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