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标题: 在使用gmx spatial做sdf计算时报错 [打印本页]

作者
Author: pg-zhd 时间: 2024-8-21 15:40
标题: 在使用gmx spatial做sdf计算时报错
我在使用以下命令计算时报错说内存不足，但是我看了服务器还有300g左右内存（cpu只有6个核心空闲），想请教一下是什么原因？
gmx spatial -s md.tpr -f md_cnt_fit.xtc -n index.ndx -nab 80 -b 1000 -e 4000
Select group to generate SDF:
Selected 4: ；中心原子周围的分子
Select group to output coords (e.g. solute):
Selected 2: ；中心原子

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-22 01:11
没具体细节没法判断，实在搞不定可以用VMD自带的volmap工具产生sdf，同时还可以考虑Gaussian函数平滑化，效果更好

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里提到了这个插件：
(, 下载次数 Times of downloads: 8)

(, 下载次数 Times of downloads: 11)

作者
Author: pg-zhd 时间: 2024-8-22 10:00

sobereva 发表于 2024-8-22 01:11
没具体细节没法判断，实在搞不定可以用VMD自带的volmap工具产生sdf，同时还可以考虑Gaussian函数平滑化，效 ...

谢谢老师，我试一下

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