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标题: 如何处理蛋白质中的非共价键相连小分子 [打印本页]

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-8-21 21:35
标题: 如何处理蛋白质中的非共价键相连小分子
我模拟的蛋白质是1TUB,我仿真的目的是获得它在电场作用下的电偶极矩变化，但是不知道如何处理ASP之后的三个小分子GTP,GDP,TXL，在网上查阅到非共价键相连的小分子可以直接删去，可是删去之后在能量最小化失败，势能为正值，不知是否与我删去这三个小分子有关。

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作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-22 00:59
那叫模拟，不叫仿真

跟删不删没必然联系。操作、设置得当的情况下，不可能因为删了三个非共价结合的小分子就没法正常跑

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-8-22 20:23

sobereva 发表于 2024-8-22 00:59
那叫模拟，不叫仿真

跟删不删没必然联系。操作、设置得当的情况下，不可能因为删了三个非共价结合的小分 ...

我想请教一下，删除这些小分子，会对蛋白质的稳定性产生影响吗，因为我模拟的目的就是探究电场对该蛋白质电偶极矩的影响

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-23 09:02

1154975925 发表于 2024-8-22 20:23
我想请教一下，删除这些小分子，会对蛋白质的稳定性产生影响吗，因为我模拟的目的就是探究电场对该蛋白质 ...

是否结合配体，结合位点展现的柔性可能明显不一样。而且某些情况下是否结合配体还有可能影响整个蛋白构象

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-8-23 10:37

sobereva 发表于 2024-8-23 09:02
是否结合配体，结合位点展现的柔性可能明显不一样。而且某些情况下是否结合配体还有可能影响整个蛋白构象

感谢感谢

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-8-23 11:00
一般不可能因为删除就失败的. 仔细检查日志文件和结构式,应该可以找到原因

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-9-2 10:29

sobereva 发表于 2024-8-23 09:02
是否结合配体，结合位点展现的柔性可能明显不一样。而且某些情况下是否结合配体还有可能影响整个蛋白构象

想问一下sob老师，配体小分子删除与否，会不会改变他们top文件中小分子以外的原子的原子电荷量。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-3 11:28

1154975925 发表于 2024-9-2 10:29
想问一下sob老师，配体小分子删除与否，会不会改变他们top文件中小分子以外的原子的原子电荷量。

看你原子电荷怎么得到的。如果就是用力场库文件里的原子电荷，那原子电荷跟配体毫无关系。如果是你自己通过某种方式对整个簇算的原子电荷，由于小分子和周围残基之间有多多少少的极化和电子转移效应，算出来的结果可能有异，但一般不至于变化太大

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-9-3 14:50

sobereva 发表于 2024-9-3 11:28
看你原子电荷怎么得到的。如果就是用力场库文件里的原子电荷，那原子电荷跟配体毫无关系。如果是你自己通 ...

感谢

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