计算化学公社

标题: CP2K跑出来的pdb轨迹文件能否在GROMACS里进行后分析处理 [打印本页]

作者
Author: ZQing 时间: 2024-8-22 10:14
标题: CP2K跑出来的pdb轨迹文件能否在GROMACS里进行后分析处理
是这样的，我的老师让我学GROMACS，然后交给我了一个他用cp2k跑出来的pdb轨迹文件，让我用GROMACS做一些分析，具体这个轨迹文件是络合物SnFOH3在溶剂中的轨迹，那我假如说想得到Sn-F间距离随时间的变化关系，那么只用这一个pdb文件可以做到吗？具体又应该怎么写呢？
轨迹文件太大了，我截图了最后一步的一部分，一共是30000步

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-22 10:29
把pdb轨迹文件载入VMD，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）讲VMD的这页ppt得到特定的原子间距离随时间的变化
(, 下载次数 Times of downloads: 6)
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: ZQing 时间: 2024-8-22 15:24

sobereva 发表于 2024-8-22 10:29
把pdb轨迹文件载入VMD，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_co ...

好的，谢谢sob老师，那我想问一下如果不用VMD,只用GROMACS可以办到吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-23 09:07

ZQing 发表于 2024-8-22 15:24
好的，谢谢sob老师，那我想问一下如果不用VMD,只用GROMACS可以办到吗？

可以
用VMD省事得多

作者
Author: ZQing 时间: 2024-8-23 10:48
sob老师，那用GROMACS里的distance语句的话，怎么把想测量的两个原子表示出来呢
我看到手册上有两个命令-selrpos和-seltype ，这两个命令怎么用呢，或者是用-select命令吗，那select又怎么用呢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)