计算化学公社

标题: 将两个蛋白进行了对接，得到的复合物的RMSD有剧烈变化 [打印本页]

作者
Author: 模拟xiaobai 时间: 2024-8-22 20:33
标题: 将两个蛋白进行了对接，得到的复合物的RMSD有剧烈变化
我是先将两个蛋白进行了对接，得到的复合物进行了600ns的模拟，mdp中对protein组使用了comm-mode=angular消除了平动和转动，之后没有对轨迹进行处理，得到的RMSD在前期变动很大，想问下这个是为什么，是不是还需要做轨迹的修正才可以，非常感谢

作者
Author: student0618 时间: 2024-8-22 21:26
Likely a jump accross PBC. Use gmx trjconv first.

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-23 09:27
老生常谈的问题，仔细看下文的RMSD的部分
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: 模拟xiaobai 时间: 2024-8-23 09:57
好嘞，明白了，非常感谢

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