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标题: 乙酸甲酯和500CO2分子，npt模拟后盒子变得异常大 [打印本页]
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Author: 1367    时间: 2024-8-22 21:08
标题: 乙酸甲酯和500CO2分子，npt模拟后盒子变得异常大
各位老师同学好，我在尝试使用gromacs去分析空间分布函数，根据论坛中相关帖子，我构建了一个体系含有一个乙酸甲酯和500CO2分子，想看一下CO2分子在乙酸甲酯周围的SDF图，但是在进行npt平衡的时候，盒子变得异常的大，想问一下这是什么情况，之前跑多个乙酸乙酯+CO2的体系的时候并没有这种情况，关于CO2模型使用的是论坛sob老师给的EPM2参数模型，以下是我的一些npt参数文件，希望大家可以给予一定指导，多谢！
  1. integrator  = md      
  2. nsteps      = 2000000     
  3. dt          = 0.002     
  4. ; Output control
  5. nstxout     = 10000     
  6. nstvout     = 10000      
  7. nstenergy   = 10000     
  8. nstlog      = 10000      
  9. ; Bond parameters
  10. continuation            = no   
  11. constraint_algorithm    = lincs   
  12. constraints             = h-bonds
  13. lincs_iter              = 1      
  14. lincs_order             = 4   
  15. ; Neighborsearching
  16. cutoff-scheme   = Verlet
  17. ns_type         = grid     
  18. nstlist         = 10      
  19. rcoulomb        = 1   
  20. rvdw            = 1  
  21. ; Electrostatics
  22. coulombtype     = PME      
  23. pme_order       = 4      
  24. fourierspacing  = 0.12     
  25. ; Temperature coupling is on
  26. tcoupl      = V-rescale         
  27. tc-grps     =system   
  28. tau_t       = 0.4               
  29. ref_t       = 253
  30. annealing              = single
  31. annealing-npoints = 2
  32. annealing-time      = 0  500
  33. annealing-temp     =0  253
  34.            
  35. ; Pressure coupling is off
  36. pcoupl              = berendsen  
  37. pcoupltype          = isotropic         
  38. tau_p               = 2.0            
  39. ref_p               = 10                 
  40. compressibility     = 4.5e-5            
  41. refcoord_scaling    = no
  42. ; Periodic boundary conditions
  43. pbc     = xyz     
  44. DispCorr    = EnerPres  
  45. gen_vel     = no   
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作者
Author: Seyilaxa    时间: 2024-8-23 00:51
253K是不是超过二氧化碳的气化点了
作者
Author: sobereva    时间: 2024-8-23 09:28
当前温度已经超过了常压下CO2的沸点，自然会这样
当CO2的比例相对很小的情况，分子间相互作用会导致不会出现这种情况
作者
Author: 1367    时间: 2024-8-23 09:47
Seyilaxa 发表于 2024-8-23 00:51
253K是不是超过二氧化碳的气化点了

多谢指导
作者
Author: 1367    时间: 2024-8-23 09:49
sobereva 发表于 2024-8-23 09:28
当前温度已经超过了常压下CO2的沸点，自然会这样
当CO2的比例相对很小的情况，分子间相互作用会导致不会出 ...

首先感谢sob老师指导，在请问一下这种情况下想分析CO2分子在某种溶剂中的空间分布函数应该如何去做，我是否可以把之前的轨迹用来分析，就是含有多个溶剂分子+CO2，分析的方法还是按照将某个溶剂分子置于中心
作者
Author: sobereva    时间: 2024-8-23 09:52
1367 发表于 2024-8-23 09:49
首先感谢sob老师指导，在请问一下这种情况下想分析CO2分子在某种溶剂中的空间分布函数应该如何去做，我是 ...

看具体考察什么
如果想考察MD过程中CO2在整个盒子里的分布，不需要将溶剂分子置于中心
如果要考察某个溶剂分子周围CO2的分布，应当将相应溶剂分子居中再计算CO2的sdf



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