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标题: 求助：Gromacs伞形采样计算PMF直方图很奇怪 [打印本页]

作者
Author: 含光君 时间: 2024-8-27 09:42
标题: 求助：Gromacs伞形采样计算PMF直方图很奇怪
本帖最后由含光君于 2024-8-27 09:44 编辑

各位老师好，我最近进行一个单分子跨膜动力学过程的模拟，使用pull命令得到了分子移动4nm的轨迹，从轨迹中每隔0.1nm选取一个窗口，共计39个窗口进行伞形采样。
每个窗口的分子位移如下：

frame       dist       d_dist
      0    3.971       NA
      5    3.846 -0.125
      10    3.748 -0.098
      18    3.663 -0.085
      20    3.576 -0.087
      28    3.481 -0.095
      31    3.375 -0.106
      35    3.265 -0.110
      42    3.172 -0.093
      43    3.072 -0.100
      53    2.956 -0.116
      59    2.828 -0.128
      65    2.716 -0.112
      71    2.619 -0.097
      76    2.513 -0.106
      78    2.422 -0.091
      88    2.333 -0.089
      92    2.233 -0.100
      94    2.148 -0.085
      99    2.035 -0.113
   104    1.950 -0.085
   105    1.858 -0.092
   113    1.764 -0.094
   115    1.659 -0.105
   124    1.574 -0.085
   128    1.490 -0.084
   132    1.404 -0.086
   136    1.293 -0.111
   139    1.193 -0.100
   147    1.103 -0.090
   151    0.998 -0.105
   155    0.889 -0.109
   159    0.803 -0.086
   168    0.695 -0.108
   170    0.591 -0.104
   179    0.494 -0.097
   184    0.402 -0.092
   190    0.305 -0.097
   195    0.221 -0.084

然后通过命令

gmx wham -it tpr.dat -if pullf.dat -o -hist -unit kCal

复制代码

得到的histogram中只显示了一个窗口，而profile除了有一些地方没有采样到还算正常。
(, 下载次数 Times of downloads: 11) (, 下载次数 Times of downloads: 10)

请问这是怎么回事该如何解决呢？

作者
Author: 丁越 时间: 2024-8-28 08:58
profile.xvg中反应坐标靠近0处的补点再跑就行，明显是采样不充分导致的

hist.xvg显示只有一个直方图那是你qtgrace用法不对，多列数据显示应当加上-nxy，即qtgrace -nxy hist.xvg

作者
Author: 含光君 时间: 2024-8-28 09:30

丁越发表于 2024-8-28 08:58
profile.xvg中反应坐标靠近0处的补点再跑就行，明显是采样不充分导致的

hist.xvg显示只有一个直方图那是 ...

哦哦确实！全都解决了，谢谢大佬！

作者
Author: 含光君 时间: 2024-8-28 09:30

丁越发表于 2024-8-28 08:58
profile.xvg中反应坐标靠近0处的补点再跑就行，明显是采样不充分导致的

hist.xvg显示只有一个直方图那是 ...

哦哦确实！全都解决了，谢谢大佬！

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-8-28 11:48

含光君发表于 2024-8-28 09:30
哦哦确实！全都解决了，谢谢大佬！

作者
Author: 含光君 时间: 2024-8-28 13:48

七尺贱发表于 2024-8-28 11:48
**** 本内容被作者隐藏 ****

搜到别人写了个脚本，可以参考一下。脚本被作者插在教程文中链接里了。

http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/05_pull.html

作者
Author: Zz123456@ 时间: 2024-11-11 23:08
您好，麻烦请问一下，后面解决后，能量图那样合理吗，我现在也遇到了同样的问题，能量曲线和您的一样，和您做的一样的体系

作者
Author: 含光君 时间: 2024-11-12 22:03

Zz123456@ 发表于 2024-11-11 23:08
您好，麻烦请问一下，后面解决后，能量图那样合理吗，我现在也遇到了同样的问题，能量曲线和您的一样，和您 ...

完全如2楼所说，能量图有大的跳跃是采样不充分所致

作者
Author: Zz123456@ 时间: 2024-11-13 16:35

含光君发表于 2024-11-12 22:03
完全如2楼所说，能量图有大的跳跃是采样不充分所致

好的，感谢大佬，我还想请教您一个问题，做PMF前拉轨迹的时候，随着时间增加，设定两原子的距离应该是越来越小，但偶尔出现距离增加，但整体趋势时距离越来越小的，这样的轨迹计算PMF合理吗？
麻烦帮忙解答一下，感谢感谢

作者
Author: 含光君 时间: 2024-11-14 09:25

Zz123456@ 发表于 2024-11-13 16:35
好的，感谢大佬，我还想请教您一个问题，做PMF前拉轨迹的时候，随着时间增加，设定两原子的距离应该是越 ...

我觉得如果只是噪声幅度的波动的话，应该就没问题

作者
Author: Zz123456@ 时间: 2024-11-15 13:15

含光君发表于 2024-11-14 09:25
我觉得如果只是噪声幅度的波动的话，应该就没问题

好的，感谢您的解答

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