计算化学公社

标题: orca需要确定的电荷数，算大团簇的电荷数时只能通过自己数计算出来吗 [打印本页]

作者
Author: sush 时间: 2024-8-23 19:01
标题: orca需要确定的电荷数，算大团簇的电荷数时只能通过自己数计算出来吗
各位老师们，在用orca软件的时候需要确定电荷数和自旋多重度，请问已知一个大团簇（OEC）的原子坐标如何确定这个团簇的带电量呀？模型是要算有228个原子的团簇，师姐以前用的方法是手动构建原子组，用中心结构每个原子的价态加上周围氨基酸分子的带电情况，有没有可以直接计算出来的方法呀，手动经常会出错

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2024-8-23 19:20
好复杂，为啥要这么做

作者
Author: sush 时间: 2024-8-23 19:37

alonewolfyang 发表于 2024-8-23 19:20
好复杂，为啥要这么做

我也觉得，可是我也不会咋算总的电荷数55

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2024-8-23 20:30

sush 发表于 2024-8-23 19:37
我也觉得，可是我也不会咋算总的电荷数55

啊这。。。太逆天了，你确定是这么搞吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-24 06:44
截图纯粹是胡搞瞎搞

不说清楚团簇具体是什么，别人没法准确回答你。自行根据包含的物质，结合基本化学常识判断每个单体的净电荷，然后加和得到整个体系的净电荷

作者
Author: sush 时间: 2024-8-24 14:10

alonewolfyang 发表于 2024-8-23 20:30
啊这。。。太逆天了，你确定是这么搞吗？

ε=(´ο｀*)))唉师姐是这么教的，其实就是下边sob老师说的 “结合基本化学常识判断每个单体的净电荷，然后加和得到整个体系的净电荷”只不过师姐把它写在atom group里去了可能方便看吧这个团簇太大了o(╥﹏╥)o

作者
Author: sush 时间: 2024-8-24 14:16

sobereva 发表于 2024-8-24 06:44
截图纯粹是胡搞瞎搞

不说清楚团簇具体是什么，别人没法准确回答你。自行根据包含的物质，结合基本化学常 ...

谢谢老师的解答，o(╥﹏╥)o团簇是光系统2中的oxygen-evolving complex（OEC）的S2态，师姐告诉我的意思应该也是判断每个单体的净电荷，然后加和得到整个体系的净电荷，只是她写到了atom group的charge里然后加和的

作者
Author: sush 时间: 2024-8-24 14:32
具体的团簇的结构如图3 ，中心结构如图2 ，图1 是文献里原子坐标。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)