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标题: CentOS7.x系统通过conda安装DSSP后，无法运行 [打印本页]

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Author: 12313 时间: 2024-8-23 20:00
标题: CentOS7.x系统通过conda安装DSSP后，无法运行
本帖最后由 12313 于 2024-8-23 20:03 编辑

各位老师好，我在Linux系统中通过运行conda install -c -salilab dssp后，成功安装了DSSP，但是我使用命令dssp -i input.pdb -o output.dssp后却无法运行，终端提示无法找到命令，请问这该如何解决？

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-12 16:55
最近我也在Centos 7集群尝试用conda 的dssp 3.0.0 以使用GROMACS 2022.6 的gmx do_dssp，分享一下自己的做法。如版上其他帖子所说，boost依赖真的很麻烦，因此没自行编译。(註：论坛上有分享静态编译的dssp，理论上使用会更方便。这里只是提供一个因各种各样原因打算用conda -c salilab dssp 版本3.0.0的方法。)
1. 命令是mkdssp 不是dssp
2. 如果遇到缺少libboost_xxx.so.1.73.0 问题又不想建立新的conda environment，而conda的libboost版本是>=1.73.0,<2.0a0 可用symbolic links处理。注意这样做要确保没有其他package依赖。例如我的conda environment 下libboost是1.86.0，输入mkdssp命令会缺少以下libraries：

libboost_thread.so.1.73.0
libboost_filesystem.so.1.73.0
libboost_program_options.so.1.73.0
libboost_iostreams.so.1.73.0
libboost_system.so.1.73.0

cd 到conda env的lib文件夹，ln -s 相应的lib即可，如 ln -s libboost_thread.so.1.86.0 libboost_thread.so.1.73.0

作者
Author: zdworld 时间: 2024-10-13 18:24
libboost直接走conda装个dssp指定版本就行了，which mkdssp查找一下二进制文件位置，然后cp一份命名为dssp就行了

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-16 22:32
当然如楼上直接装libboost 1.73.0 更简单。不过我的情况是安装1.73.0会downgrade其他包依赖的lib然后会出问题，因此用link反而较直接而不用重新装所有包，算是个workaround吧。
mkdssp那点是回应楼主的问题，其实可直接使用，没什么实际影响。

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