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标题: 请问为什么模拟结果的阴阳离子聚集在一起，金属阳离子未与溶剂分子形成配位 [打印本页]

作者
Author: szg 时间: 2024-8-23 20:31
标题: 请问为什么模拟结果的阴阳离子聚集在一起，金属阳离子未与溶剂分子形成配位
模拟基本情况：
1、按照教程http://sobereva.com/531计算RESP2电荷（阴离子用的ma-TZVP）
2、top文件中使用的力场为oplsaa
遇到的问题如下图所示（黄色雾状为处理过的溶剂分子DME，粉色为金属离子Na，蓝色为阴离子FSI）：
图1的溶剂分子未处理，图2为处理过的溶剂分子

阴阳离子聚集在一起，两次模拟均是这样的请况，附件为我的溶剂分子及阴离子的itp文件
请问各位老师我该如何解决这个问题
补充：谷歌搜索说是形成了结晶，但是还是没找到解决办法

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-24 06:50
RESP/RESP2主要是给AMBER系力场用的，OPLS-AA适合用的原子电荷按下文计算
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585（http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html）

建议RESP电荷结合sobtop产生的GAFF2的拓扑文件

作者
Author: szg 时间: 2024-8-24 08:09

sobereva 发表于 2024-8-24 06:50
RESP/RESP2主要是给AMBER系力场用的，OPLS-AA适合用的原子电荷按下文计算
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1 ...

明白了，谢谢老师

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