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标题: 求助GROMACS模拟磷酸水溶液时质子H+非键参数的选择 [打印本页]

作者
Author: wangyueda 时间: 2024-8-25 15:43
标题: 求助GROMACS模拟磷酸水溶液时质子H+非键参数的选择
请问下各位老师，使用GROMACS模拟模拟磷酸（H3PO4）水溶液时质子H+非键参数（nonbonded parameter）应该如何选择，力场为GAFF

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-25 16:14
如果你是指磷酸根上面的H，GAFF对其本来就不定义范德华参数。由于此原子带的电子很少，从原理上其范德华作用就很微弱

作者
Author: wangyueda 时间: 2024-8-25 16:55

sobereva 发表于 2024-8-25 16:14
如果你是指磷酸根上面的H，GAFF对其本来就不定义范德华参数。由于此原子带的电子很少，从原理上其范德华作 ...

好的老师。那我这里把磷酸中H+和[PO4]3-分开考虑，其中H+以[H3O]+的形式存在于水溶液中，其力场参数由sobtop生成（参考sobtop官网例1），这样是否合适？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-26 03:04

wangyueda 发表于 2024-8-25 16:55
好的老师。那我这里把磷酸中H+和3-分开考虑，其中H+以[H3O]+的形式存在于水溶液中，其力场参数由sobtop生 ...

可以
但注意中性环境下[PO4]3-的量极少，注意当前pH环境下的主要的质子化态是哪种

作者
Author: 牧生 时间: 2024-8-26 07:47
J. Phys. Chem. B 2021, 125, 13502−13518

有现成的氢离子或者水合氢离子参数

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