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标题: 蛋白配体复合物进行gmx_MMPBSA计算后，∆GSOL＞0能说明什么？ [打印本页]

作者
Author: 12313 时间: 2024-8-26 14:30
标题: 蛋白配体复合物进行gmx_MMPBSA计算后，∆GSOL＞0能说明什么？
各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，配体是小分子多肽，在对其进行gmx_MMPBSA计算后，受体与配体的结合自由能结果如下图，如图可知∆GSOLV＞0，这是否能说明配体与受体在溶剂环境中不能进行自发反应？
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作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-8-26 21:29
能不能结合看的是总的结合能，把结合能的一部分贡献单独拎出来不能作为任何依据
可以看看MM/PBSA的原理，以及各个结合能分解项的意义官网上都有写https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/output/

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-27 05:09
复合和反应完全是两码事，不要乱用词。MMPBSA没法用来考察能否反应
∆GSOLV仅仅体现溶剂效应对结合自由能的贡献

作者
Author: 12313 时间: 2024-8-27 09:08

Seyilaxa 发表于 2024-8-26 21:29
能不能结合看的是总的结合能，把结合能的一部分贡献单独拎出来不能作为任何依据
可以看看MM/PBSA的原理， ...

谢谢老师

作者
Author: 12313 时间: 2024-8-27 09:08

sobereva 发表于 2024-8-27 05:09
复合和反应完全是两码事，不要乱用词。MMPBSA没法用来考察能否反应
∆GSOLV仅仅体现溶剂效应对结合自 ...

谢谢老师

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-8-27 09:23
感谢

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