计算化学公社

标题: 用vmd显示sdf计算结果里面中心分子的每一个原子周围也有溶剂分布 [打印本页]

作者
Author: pg-zhd 时间: 2024-8-26 14:43
标题: 用vmd显示sdf计算结果里面中心分子的每一个原子周围也有溶剂分布
我的gromacs版本是2021.6，vmd是1.9.3
我用以下代码做的sdf计算
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -n index.ndx -o md_cnt.xtc -boxcenter tric -ur compact -pbc none
Select group for output
Selected 0: 'System'
gmx trjconv -s md.tpr -f md_cnt.xtc -n index.ndx -o md_cnt_fit.xtc -fit rot+trans
Select group for least squares fit
Selected 2  ;选择想要位于中心的组
Select group for output
Selected 0: 'System'
gmx spatial -s md.tpr -f md_cnt_fit.xtc -n index.ndx -nab 80 -b 1000 -e 4000
Select group to generate SDF:
Selected 6  ;选择要统计SDF的组
Select group to output coords (e.g. solute):
Selected 2  ;选择想要位于中心的组

然后用vmd打开cube文件，调整了一下得到以下图像，但是中心分子的每一个原子周围为什么会也有溶剂分布呢，我设置的应该是一定范围以外的溶剂分布吧，想请教一下是什么原因

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-27 05:12
确认组选择得没问题。你的输入并没有直接体现“我设置的应该是一定范围以外的溶剂分布”

那叫命令，不叫代码，看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

作者
Author: pg-zhd 时间: 2024-8-27 10:14

sobereva 发表于 2024-8-27 05:12
确认组选择得没问题。你的输入并没有直接体现“我设置的应该是一定范围以外的溶剂分布”

那叫命令，不叫 ...

好的sob老师，我以后注意用词。
我以为isovalue的数值就是一定范围以外的分布。所以才那么说的。
我的体系只有两种分子（1个烯烃，2000个溶剂）我的ndx文件是把md.gro文件里面的烯烃分子的所有原子改个名字，然后使用gmx make_ndx命令直接按q就保存了，在vmd里面我也看过了就是烯烃分子没有问题。
然后我在执行烯烃置于盒子中间，消除转动以及sdf命令的时候都是选择烯烃作为中心原子和另一个选项是整个体系（system）。
我还有一点很不理解的就是我的isovalue值特别大，我看别人最多就0.001或者0.01这个数量级的，可以麻烦老师解答一下吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-28 08:51

pg-zhd 发表于 2024-8-27 10:14
好的sob老师，我以后注意用词。
我以为isovalue的数值就是一定范围以外的分布。所以才那么说的。
我的 ...

你算sdf时选的整个体系，包含了烯烃分子，当然在烯烃原子上也有等值面分布

跟归一化做法有关。默认情况下spatial命令是将sdf除以了一个系数，以使得数值的数量级比较大。如果用-nodiv则不会做此处理

作者
Author: pg-zhd 时间: 2024-8-29 14:22

sobereva 发表于 2024-8-28 08:51
你算sdf时选的整个体系，包含了烯烃分子，当然在烯烃原子上也有等值面分布

跟归一化做法有关。默认情 ...

谢谢sob老师的指导，我去尝试一下

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