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标题: 这个二面角应该怎么拟合？ [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-8-27 12:36
标题: 这个二面角应该怎么拟合？
前辈们好！
最近在用GROMACS做一个小分子修饰的蛋白的模拟。
涉及到一个二面角，我根据卢老师之前解答别人做二面角参数化的方法，
先做了二面角扫描，得到了如下结果：

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现在我的疑惑是，这应该是个周期性二面角，
力场选择不同对得到的二面角参数是否有影响我还没有进一步研究（但这里的MM data是使用GROMACS基于GAFF力场得到的）
需要对照哪个（函数形式）来进行拟合？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-28 09:16
力场用的二面角形式是什么样，在原文里都有说明，用相应的函数形式拟合里面的参数。一篇原文里没有的话再找同系列力场的另外的原文
另外注意，即便两个力场用的函数形式是一样的，由于1-4作用的考虑方式、范德华参数和原子电荷的不同，拟合出来的参数也会有差异。

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