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标题: 使用MMPBSA计算结合自由能，强弱结合的依据文献来源？ [打印本页]

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Author: AKB2005 时间: 2024-8-28 10:51
标题: 使用MMPBSA计算结合自由能，强弱结合的依据文献来源？
大家好，我用李老师的gmx_mmpbsa脚本计算了结合自由能，根据输出的内容判断是强的结合力，投稿时审稿人问我有没有文献依据，请问这方面大家有相关的参考文献吗？
下面就是参考的亲和度表格
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| M(mol/L) |  m/u/pM | dG(kcal/mol) | dG(kJ/mol) | Affinity |
|==============================================================|
| 0.1    | 100  mM | -1.364 | -5.708 |          |
| 0.01    |  10  mM | -2.728 |  -11.416 |          |
| 0.001 | 1  mM | -4.093 |  -17.124 |          |
| 0.0001 | 100  uM | -5.457 |  -22.832 | Weak       |
|--------------------------------------------------------------|
| 0.00001  |  10  uM | -6.821 |  -28.540 |          |
| 1.0E-06  | 1  uM | -8.185 |  -34.248 | Medium    |
|--------------------------------------------------------------|
| 1.0E-07  | 100  nM | -9.550 |  -39.956 |          |
| 1.0E-08  |  10  nM | -10.914 |  -45.664 |          |
| 1.0E-09  | 1  nM | -12.278 |  -51.372 | Strong    |
|--------------------------------------------------------------|
| 1.0E-10  | 100  pM | -13.642 |  -57.080 |          |
| 1.0E-11  |  10  pM | -15.007 |  -62.788 |          |
| 1.0E-12  | 1  pM | -16.371 |  -68.496 | Very strong |
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作者
Author: c00jsw00 时间: 2024-8-29 00:32
MMPBSA OR MMGBSA 計算時候可以發先deltaG 有時候大到不合理推薦使用ILE 方法例如(https://mm.nrc-cnrc.gc.ca/software/sie/info/) 應該會比較好

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