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标题: orca做轨道定域化计算,一直提醒不能读取我的gbw文件 [打印本页]

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sxh3231796    时间: 2024-8-28 15:30
标题: orca做轨道定域化计算,一直提醒不能读取我的gbw文件
因为用pm做的轨道定域化结果不理想,想尝试加入Cholesky,发现免费软件中只查到了orca,就按论坛里的帖子写了inp文件,但一直提醒不能读取我的gbw文件,但是转成fch查看都没有问题,求大家帮忙看看,是哪里不对不

! HF 3-21g
%loc
deppe.gbw           // input orbitals
deppe_lo.gbw        // output orbitals
0                       // orbital window: first orbital to be localized e.g. first active
160                       // orbital window: last orbital to be localized e.g. last active
1                         // localization method: 1=PM,2=FB,3=IAOIBO,4=IAOBOYS,5=NEWBOYS,6=AHFB
0                         // operator: 0 for alpha, 1 for beta。对于CASSCF/ROHF/RHF,应该用0。
128                     // maximum number of iterations
1e-6                   // convergence tolerance of the localization functional value
0.0                     // relative convergence tolerance of the localization functional value
0.95                   // printing thresh to call an orbital strongly localized
0.85                   // printing thresh to call an orbital bond-like
2                       // printlevel
1                       // use Cholesky Decomposition (0=false, 1=true)
1                       // randomize seed for localization (0=false, 1=true)
end

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zjxitcc    时间: 2024-8-28 16:53
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-8-28 16:55 编辑

能做轨道局域化的程序免费有一大箩筐,这是非常基础的功能,建议阅读《利用常见的程序做轨道局域化》。我不知道你为什么要写这么一堆,以及这跟Cholesky没有关系。

(1)轨道局域化一般在合理计算水平的波函数下进行,例如B3LYP-D3(BJ)/def2TZVP结构优化最后一帧的波函数,也可以是UNO或CASSCF轨道。HF 3-21g一般没有意义。
(2)推荐使用MOKITloc轨道局域化功能,启动python,运行
  1. from mokit.lib.gaussian import loc
  2. loc('ben_uhf_gvb15_CASSCF_NO.fch', idx=range(18,21))
复制代码
这是对CASSCF(6,6)计算获得的自然轨道的3个占据活性轨道 进行局域化,会生成ben_uhf_gvb15_CASSCF_NO_LMO.fch文件,可以用GaussView/Multiwfn打开可视化。如果你手上只有ORCA的mkl/molden文件,没有fch文件,可以用mkl2fchmolden2fch小程序转为fch文件(仅适用于全电子基组)。
(3)注意合理指定轨道范围,若不清楚该指定哪些轨道进行局域化,应提问。


作者
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sxh3231796    时间: 2024-8-28 17:41
本帖最后由 sxh3231796 于 2024-8-28 17:42 编辑
zjxitcc 发表于 2024-8-28 16:53
能做轨道局域化的程序免费有一大箩筐,这是非常基础的功能,建议阅读《利用常见的程序做轨道局域化》。我不 ...

我之前就看过您发的那个链接,但是我试过用multiwfn的fb做轨道定域化计算,但是casscf的结果不是很好,看了一篇文献,他说使用cholesky的方法做的,所以想试试,但是我看只有molcas可以做,但是那个要钱,就试了orca
有个小问题,选活性轨道,我是先做的全部占据轨道定域化,然后选其中的活性轨道在做casscf计算,是要直接在没有定域化的轨道中选好了在做吗?
作者
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zjxitcc    时间: 2024-8-28 18:43
sxh3231796 发表于 2024-8-28 17:41
我之前就看过您发的那个链接,但是我试过用multiwfn的fb做轨道定域化计算,但是casscf的结果不是很好,看 ...

OpenMolcas (https://gitlab.com/Molcas/OpenMolcas)开源、免费。不过轨道局域化倒是没必要专门用OpenMolcas。

对占据轨道定域化只能找出 占据活性轨道,常规的手段在虚轨道空间中无法找到 非占据活性轨道。换个容易理解的方式,想对水分子算CASSCF(4,4)计算,对占据轨道定域化可以找到2根O-H键的成键轨道,然而2个O-H反键轨道的构造/寻找则要难得多。因此建议使用自动多组态/多参考计算程序MOKIT,让算法自动确定活性空间大小,通过多步轨道变换 自动构造活性轨道,获得良好的CASSCF初猜。不需要自己做轨道局域化、看轨道、挑选轨道、调换轨道顺序,计算只需一个gjf文件,具体实例可以看论坛上以往的帖子,例如
对比此贴79L与80L中的轨道,差别巨大http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 66&fromuid=2632
[Re2Cl8]2-的计算http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 17&fromuid=2632
更多例子可以看MOKIT线上手册对automr的介绍https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/chap5-1.html
当然,你也可以上传你的体系坐标,分子不大的话我可以展示计算结果。

不会/不建议在没有定域化的轨道中选。

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sxh3231796    时间: 2024-8-28 19:06
zjxitcc 发表于 2024-8-28 18:43
OpenMolcas (https://gitlab.com/Molcas/OpenMolcas)开源、免费。不过轨道局域化倒是没必要专门用OpenMol ...

请问下老师,使用mokit是要调用其他计算软件吗?因为我一直在超算中心上做计算,调用软件需要申请权限,就一直没弄这个mokit。我上传了一个我的文件,不知道是不是有点大
作者
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sxh3231796    时间: 2024-8-29 16:26
zjxitcc 发表于 2024-8-28 18:43
OpenMolcas (https://gitlab.com/Molcas/OpenMolcas)开源、免费。不过轨道局域化倒是没必要专门用OpenMol ...

请问,能同时帮我更正我的输入文件吗
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wzkchem5    时间: 2024-8-30 09:25
检查你产生gbw文件用的orca版本是否和做定域化用的版本不符,文件是否放在了正确的文件夹下,文件是否已被覆盖
作者
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sxh3231796    时间: 2024-8-30 18:27
wzkchem5 发表于 2024-8-30 09:25
检查你产生gbw文件用的orca版本是否和做定域化用的版本不符,文件是否放在了正确的文件夹下,文件是否已被 ...

检查过了老师,是用同一个版本的orca,也在一个文件夹里,但还是不知道是什么原因,能麻烦您看一下,我的格式有什么问题吗?
作者
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wzkchem5    时间: 2024-8-30 21:04
sxh3231796 发表于 2024-8-30 11:27
检查过了老师,是用同一个版本的orca,也在一个文件夹里,但还是不知道是什么原因,能麻烦您看一下,我的 ...

你这个输入文件的名字是不是和某一个gbw文件的名字(不含扩展名)同名?
作者
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sxh3231796    时间: 2024-8-30 21:14
是的用的同一个名字,叫deppe.inp




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