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标题: GROMACS做水乙醇互溶现象模拟时出现Atomtype c3 not found该怎么解决 [打印本页]

作者
Author: ejath 时间: 2024-8-28 18:44
标题: GROMACS做水乙醇互溶现象模拟时出现Atomtype c3 not found该怎么解决
如图，这是相应的itp和top文件，是力场文件有问题还是引入的问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-29 11:36
[atomtypes]里没加入当前用的GAFF原子类型的定义所致

作者
Author: ejath 时间: 2024-8-29 13:04

sobereva 发表于 2024-8-29 11:36
[atomtypes]里没加入当前用的GAFF原子类型的定义所致

好的老师，但是后面统计氢键时，出现两个WARNING: Selection 'MOL' has no acceptors!
WARNING: Selection 'MOL' has no donors!，选择的区域没找到对应的原子，想问下为什么

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-30 07:31

ejath 发表于 2024-8-29 13:04
好的老师，但是后面统计氢键时，出现两个WARNING: Selection 'MOL' has no acceptors!
WARNING: Selecti ...

跟你前面问的问题没直接关系，不存在“但是”

gmx没判断出你选的组里存在氢键给体/受体原子

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