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标题: MOKIT无法调用Gaussian09的问题 [打印本页]
作者
Author: 无糖热可乐    时间: 2024-8-28 20:45
标题: MOKIT无法调用Gaussian09的问题
各位老师好，我按照帖子进行了MOKIT的安装，在提交任务之后报错输出：

Checking MOKIT_ROOT ...
------ Output of AutoMR of MOKIT(Molecular Orbital Kit) ------
       GitLab page: https://gitlab.com/jxzou/mokit
     Documentation: https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook
           Version: 1.2.5 (2023-Apr-27)
       How to cite: see README.md or $MOKIT_ROOT/doc/


HOST localhos, Wed Aug 28 11:02:08 2024


Read program paths from environment variables:
MOKIT_ROOT  = /home/stone/mokit


ERROR in subroutine get_gau_path: Gaussian is not found in your node/machine.
Please check whether you have installed Gaussian correctly.

MOKIT在我的机器上找不到Gaussian，但是我可以正常使用Gaussian09进行计算，下面是我的环境变量：


export CPATH=/home/stone/openmpi411/include:$CPATH
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1


####Gaussian09####
PATH=$PATH:$HOME/bin:/home/stone/software/g09D01
export g09root=/home/stone/software
source $g09root/g09D01/bsd/g09.profile
export GAUSS_SCRDIR=/home/stone/software/Gausstmp
export GAUSS_EXEDIR=/home/stone/software/g09D01

####ORCA####
export PATH=$PATH:/home/stone/orca504
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/stone/orca504
alias orca='/home/stone/orca504/orca'


####Anaconda3###
export PATH=/home/stone/anaconda3/bin:$PATH


####MOKIT###
export MOKIT_ROOT=/home/stone/mokit
export PATH=$MOKIT_ROOT/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$MOKIT_ROOT/lib:$PYTHONPATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MOKIT_ROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export GMS=$HOME/stone/gamess/rungms
export orca=/home/stone/orca504/orca

请各位老师指点，附件是输入与输出文件。

作者
Author: zjxitcc    时间: 2024-8-28 20:54
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-8-28 20:55 编辑

PATH=$PATH:$HOME/bin:/home/stone/software/g09D01
export GAUSS_EXEDIR=/home/stone/software/g09D01

这两行没用，Gaussian环境变量不需要。
你是提交到当前节点进行计算吗？运行which g09有显示Gaussian路径吗？另外，您的MOKIT版本过于上古，不建议再用。建议安装使用最新版，如1.2.6rc37。

作者
Author: 无糖热可乐    时间: 2024-8-30 10:51
zjxitcc 发表于 2024-8-28 20:54
PATH=$PATH:$HOME/bin:/home/stone/software/g09D01
export GAUSS_EXEDIR=/home/stone/software/g09D01

...

老师，您好，昨天机器被占用，今天才有机会回复您。

删掉您说的没用的两行后，我用amtomr AuO.gjf >& AuO.out 指令提交的作业，输出文件显示：
Checking MOKIT_ROOT ...
------ Output of AutoMR of MOKIT(Molecular Orbital Kit) ------
       GitLab page: https://gitlab.com/jxzou/mokit
     Documentation: https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook
           Version: 1.2.5 (2023-Apr-27)
       How to cite: see README.md or $MOKIT_ROOT/doc/

HOST localhos, Fri Aug 30 10:46:41 2024

Read program paths from environment variables:
MOKIT_ROOT  = /home/stone/mokit

ERROR in subroutine get_gau_path: Gaussian is not found in your node/machine.
Please check whether you have installed Gaussian correctly.

which g09显示的路径是 ~/software/g09D01/g09
作者
Author: zjxitcc    时间: 2024-8-30 11:12
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-8-30 11:14 编辑
无糖热可乐 发表于 2024-8-30 10:51
老师，您好，昨天机器被占用，今天才有机会回复您。

删掉您说的没用的两行后，我用amtomr AuO.gjf >&  ...

（1）请先更新至最新版MOKIT。
（2）是automr，不是amtomr。
（3）请注意，您机器上的Gaussian目录名称是不对的/不合理的，这非常危险。不建议用户修改Gaussian目录名称，否则可能引发各种问题，在漫长的科研生活中多次浪费您和大家的宝贵科研时间。请勿回复我“我以前这么做也能算之类的话”，恰恰是因为错误的路径和环境变量，才导致需要写export GAUSS_EXEDIR等一堆没用的环境变量。简单地说，合理的路径例子应该是
~/software/g09/g09
~/software/g16/g16
第1个g09是目录名/文件夹，这是不可以修改的；第2个g09是可执行程序。然而有的人机器上有多个Gaussian版本，为了体现不同版本，需要修改为
~/software/g09C01/g09/g09
~/software/g09D01/g09/g09
~/software/g16A03/g16/g16
底层两个g09是不可以修改的，应该在上一层新建一个带版本的目录名称，然后将g09文件夹移入相应的目录。
作者
Author: 无糖热可乐    时间: 2024-8-30 15:49
zjxitcc 发表于 2024-8-30 11:12
（1）请先更新至最新版MOKIT。
（2）是automr，不是amtomr。
（3）请注意，您机器上的Gaussian目录名称 ...

感谢老师的指点，确实是Gaussian目录名称的问题。正在更新MOKIT，感谢
作者
Author: 无糖热可乐    时间: 2024-9-1 20:49
zjxitcc 发表于 2024-8-30 11:12
（1）请先更新至最新版MOKIT。
（2）是automr，不是amtomr。
（3）请注意，您机器上的Gaussian目录名称 ...

老师您好，寻找最新版MOKIT时，只在https://anaconda.org/mokit/mokit/files这个网站上找到了linux-64/mokit-1.2.6rc38-py3.11_1234567_1.tar.bz2安装包，我尝试使用指令tar -xvjf 解压，发现并没有产生mokit文件夹，请问这个最新版的安装方式是否与https://gitlab.com/jxzou/mokit/-/blob/master/README_zh.md上的不一样？
请问该如何正确更新MOKIT？谢谢
作者
Author: zjxitcc    时间: 2024-9-2 12:33
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-9-2 13:56 编辑
无糖热可乐 发表于 2024-9-1 20:49
老师您好，寻找最新版MOKIT时，只在https://anaconda.org/mokit/mokit/files这个网站上找到了linux-64/mo ...

你走了弯路了，没有这些麻烦事。与README_zh.md上写的一样。如果你以前使用的是“方式1：conda 联网安装”，那就用conda update mokit -c mokit来更新，详见
https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... te-mokit-with-conda

你得说出你之前是用哪种方式安装的，我不是神仙，猜不出来。当然，也可以不说，直接删除/卸载旧版MOKIT，然后按README_zh.md安装最新版即可。
作者
Author: 无糖热可乐    时间: 2024-9-2 20:28
zjxitcc 发表于 2024-9-2 12:33
你走了弯路了，没有这些麻烦事。与README_zh.md上写的一样。如果你以前使用的是“方式1：conda 联网安装 ...

不好意思老师，我没有说明白。
我之前安装使用的是方法四：从源码编译，是从https://gitlab.com/jxzou/mokit上下载的mokit-master.zip安装包进行的安装。连不上服务器所以不能通过conda联网安装。
我在https://gitlab.com/jxzou/mokit这里没有找到1.26版本mokit安装包，只在https://anaconda.org/mokit/mokit/files这个网站上找到了linux-64/mokit-1.2.6rc38-py3.11_1234567_1.tar.bz2安装包，但是不明白这个安装包应该如何安装。
作者
Author: zjxitcc    时间: 2024-9-2 20:34
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-9-2 20:35 编辑
无糖热可乐 发表于 2024-9-2 20:28
不好意思老师，我没有说明白。
我之前安装使用的是方法四：从源码编译，是从https://gitlab.com/jxzou/m ...

如果你仍然想采用方式4，下载的压缩包是mokit-master.zip或mokit-master.tar.gz。在anaconda网站找到的那个一长串名字的包，对你没用。

将mokit-master.zip发送到Linux系统下，解压，进入目录，后续步骤就是README里写的，我就不重复抄一遍了
https://gitlab.com/jxzou/mokit/- ... 1%E7%BC%96%E8%AF%91

编译完成后，恰当书写环境变量（上面链接都有），退出机器重新登录，运行automr -v可显示版本号和日期。即使不编译或安装，也可以打开doc/cite_MOKIT.ris文件查看版本号和日期。



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