计算化学公社

标题: 如何分析蛋白质在电场中的受力问题 [打印本页]

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-8-29 15:57
标题: 如何分析蛋白质在电场中的受力问题
我想要分析微管蛋白在电场中的受力问题，该蛋白由α微管蛋白(α-tubulin)和β微管蛋白(β-tubulin)紧密地结合成二聚体，不知道gromacs能否实现，查询手册没有看到相关功能。 (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-30 07:56
可以用mdp里的nstfout设置往得到的trr轨迹里写入原子受力信息的频率，然后自己提取出来根据实际需要进行分析

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-8-30 19:43

sobereva 发表于 2024-8-30 07:56
可以用mdp里的nstfout设置往得到的trr轨迹里写入原子受力信息的频率，然后自己提取出来根据实际需要进行分 ...

想请问一下sob，在设置nstfout之后进行了模拟，得到了trr文件，如何从中提取相关信息呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-31 06:01

1154975925 发表于 2024-8-30 19:43
想请问一下sob，在设置nstfout之后进行了模拟，得到了trr文件，如何从中提取相关信息呢

gmx dump，可以把二进制文件换成文本形式输出
可以参考
使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力
http://sobereva.com/36

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-8-31 11:21

sobereva 发表于 2024-8-31 06:01
gmx dump，可以把二进制文件换成文本形式输出
可以参考
使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力

非常感谢sob老师

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-8-31 16:47
标题: gromacs能否分析蛋白质受到的电场力
(, 下载次数 Times of downloads: 2) 上图是我从模拟输出的trr文件中得到的某原子的受力信息，目前我想要分析的是原子受到的电场力，可gromacs似乎只能获得原子所受的合力，想请问能否从这个文件中将原子受到的电场力分离出来

作者
Author: Huschein 时间: 2024-9-2 05:15
rerun的时候弄两次，一次把top里面charge全部调0,一次正常，相减就行，这么冷门的分析就只能自己操作，没有这种单独的功能

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-2 09:01

1154975925 发表于 2024-8-31 16:47
上图是我从模拟输出的trr文件中得到的某原子的受力信息，目前我想要分析的是原子受到的电场力，可gromacs似 ...

直接根据原子电荷和电场矢量，根据高中的物理公式F=qE直接就能算出来

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-9-2 09:23

Huschein 发表于 2024-9-2 05:15
rerun的时候弄两次，一次把top里面charge全部调0,一次正常，相减就行，这么冷门的分析就只能自己操作，没有 ...

根据sob老师的方法，好像都需不要进行模拟就能得到结果，直接用pdb文件里的电荷×E就可以得到受力了。

作者
Author: Huschein 时间: 2024-9-2 23:08

1154975925 发表于 2024-9-2 09:23
根据sob老师的方法，好像都需不要进行模拟就能得到结果，直接用pdb文件里的电荷×E就可以得到受力了。

要么你自己算要么你交给gmx 没什么区别

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-9-3 09:12

Huschein 发表于 2024-9-2 23:08
要么你自己算要么你交给gmx 没什么区别

感谢

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-9-21 16:15

1154975925 发表于 2024-9-2 09:23
根据sob老师的方法，好像都需不要进行模拟就能得到结果，直接用pdb文件里的电荷×E就可以得到受力了。

你把charge调成0 这个模拟的结果可行吗原子电荷都为0体系会不会崩溃

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