计算化学公社

标题: 请问能否通过gromacs做氘代分子的MD模拟？ [打印本页]

作者
Author: Tw-sYi 时间: 2024-8-29 17:01
标题: 请问能否通过gromacs做氘代分子的MD模拟？
各位大神好~

最近想通过MD研究氘代前后有机分子堆积情况和分子间的相互作用

按照通常MD的流程，使用sobtop构建了.itp和.top文件

但是发现不管是输入的.mol2还是.输出的.itp文件中都没有区分H和D，.top中只有一种类型的H，质量用的是考虑的同位素分布的质量

查了力场后发现，通常有机分子用的GAFF力场也没考虑同位素的影响

请问各位大神有方法可以做氘代分子的MD嘛？十分感谢！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-30 07:53
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

除非你专门对不同同位素优化力场参数（例如专门有文章给重水优化参数以重现重水的性质），从GAFF等普通的力场层面来说，同位素的不同只影响原子质量，完全不影响任何其它参数。原子质量自己在[atoms]里手动设就完了

作者
Author: Tw-sYi 时间: 2024-8-30 09:21

sobereva 发表于 2024-8-30 07:53
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...

收到，谢谢sob老师~我按您的方法试一下。

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