计算化学公社

标题: TCL编写计算蛋白质6A范围内的钙离子，可以运行，但是结果不对 [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-8-29 17:49
标题: TCL编写计算蛋白质6A范围内的钙离子，可以运行，但是结果不对
如题，我用VMD测量距离10埃内的钙，能够得出有6个，但是我用计算得出来的是0，想让各位老师看看是不是我脚本的问题。
脚本如下，谢谢给位老师
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: laoman 时间: 2024-8-29 21:48
你可以试试这个：
set sel [atomselect top "(same residue as all within 10 of protein) and element Ca"]
如果还是0，可以打开VMD检查一下看看VMD有没有识别出来element（输入的PDB文件最后一列为空的时候VMD就识别不了element）。
识别不了element的时候建议用resname或者name来选择Ca，检查一下PDB文件里的Ca的残基名字和原子名字即可。

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-8-29 22:12
感谢，已经解决了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)