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标题: 进行位置限制后，NVT和NPT的命令应该如何输入？ [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-8-30 21:17
标题: 进行位置限制后，NVT和NPT的命令应该如何输入？
我通过make_ndx，选取对应的原子之后，将itp加入到top文件中，然后进行后续的设置盒子以及添加离子的操作，再进行预平衡时，出现问题。然后我搜了一下，大家的预平衡命令不太一样，我的命令是gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -n index.ndx以及gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -r nvt.gro -p topol.top -o npt.tpr -n index.ndx。想知道我的输入命令是否规范，谢谢大家

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-8-31 00:33
“出现问题”不知道是什么问题，没有贴出具体报错信息
光看命令行没什么问题，只要理解每个选项的作用是什么就行

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-31 05:16
跑蛋白质体系本来用NVT就根本不是必须的，大多数人做NVT完全是多此一举

对蛋白质模拟，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里都有非常细致的讲授，通过培训学一遍就全明白了，能少问无数此类极其基础性的问题。下面是培训里给的常用流程涉及的命令总结，里面每一步的意义、要点、mdp的设置等在培训里都结合具体例子讲得十分清楚。

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