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标题: 进行位置限制后，nvt和npt的mdp文件需要做什么样的更改？ [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-8-30 21:21
标题: 进行位置限制后，nvt和npt的mdp文件需要做什么样的更改？
我看网上关于限制蛋白，关于后续mdp文件的编写没怎么有介绍。看到有人说需要添加position_restrain = yes;position_restrain_type = harmonic;position_restrain_kc = 1000;position_restrain_center = no,想知道是否有需要。

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-8-31 00:37
.mdp文件里没有这些参数

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-31 05:11
你最近发的帖子问的全都是极其基础的使用问题，gromacs绝对不是靠问答方式来学的
强烈建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）完全正确地系统性学一遍，你的那些问题就全没有了（你问的都是课上详细讲过、有具体且完整的例子的），少走无数弯路

你问的这些选项根本在mdp里就不存在，gromacs手册里都根本搜不到。都怀疑你是不是看了某些垃圾营销公众号上AI生成的文字，被以讹传讹。AI经常无中生有瞎编乱造出关键词，还令小白信以为真。看那种东西白浪费时间，且越学越错，有害无益。

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