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标题: 对分子对接后的复合物进行动力学模拟不能识别导出的pdb文件 [打印本页]

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2024-8-31 09:47
标题: 对分子对接后的复合物进行动力学模拟不能识别导出的pdb文件
我通过MOE软件对蛋白质和小分子肽进行了分子对接处理并将最优结果导出为pdb格式，想利用GROMACS分析对接后蛋白-肽复合物的动力学模拟。
已经手动将复合物pdb文件里面的*改为配体的名字knt
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
但是利用pdb2gmx导入复合物的时候，还是提示报错。
(, 下载次数 Times of downloads: 3)
请问对于这个pdb文件还需要做什么其他的预处理吗？

作者
Author: student0618 时间: 2024-8-31 20:40
根据力场对NME修改pdb对应原子名

作者
Author: Huschein 时间: 2024-9-2 05:18
sobtop来产生ligand的gro和top

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-2 08:50
pdb里的残基名和原子名必须和力场目录下的rtp文件里的相对应，不对应就自己改

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