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标题: dimer做过渡态时遇到的问题，怎么确定算出来的结构可以连接初态和末态？ [打印本页]

作者
Author: AlexGerry 时间: 2024-8-31 10:02
标题: dimer做过渡态时遇到的问题，怎么确定算出来的结构可以连接初态和末态？
老师们好，我在算过渡态时使用了dimer，但是往届师兄在用dimer算过渡态时，盲审专家问了一个问题：你怎么确定你算出来的结构是可以连接你的初态和末态的？当时师兄也懵了。我刚接触过渡态的计算，也不懂这个问题，但是确实，dimer只用了一个过渡态的初猜结构来计算的，不像CI-neb根据IS和FS进行插点，直接连接了初末态。请各位老师解答一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-2 08:52
跑NEB进行验证
或者按照虚频模式微调结构，然后用小步长上限进行优化，确认得到的结构对应期望的极小点
不限于VASP，对于CP2K等其它程序也是同理

作者
Author: AlexGerry 时间: 2024-9-2 09:33

sobereva 发表于 2024-9-2 08:52
跑NEB进行验证
或者按照虚频模式微调结构，然后用小步长上限进行优化，确认得到的结构对应期望的极小点
...

谢谢sob老师，第一种方法我明白，就是在初末态之间插一个点然后将该过渡态的CONTACR复制进去，但是您说的第二种方法我不太明白，是不是做一步IRC呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-3 11:25

AlexGerry 发表于 2024-9-2 09:33
谢谢sob老师，第一种方法我明白，就是在初末态之间插一个点然后将该过渡态的CONTACR复制进去，但是您说的 ...

不是。我说的是常规的几何优化

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