计算化学公社

标题: 稀土配合物ROCIS计算出错 [打印本页]
作者
Author: 风起~    时间: 2024-8-31 15:59
标题: 稀土配合物ROCIS计算出错
各位老师好，我最近在进行Gd稀土配合物激发态的计算，有几个问题想要咨询大家
实验合作方希望我计算出'S1' 'T1'能级，但是对于Gd来说，有七个未配对的f电子，做UTDDFT计算是貌似也很难做到这个事情
我看到论坛上@wzkchem5 老师推荐ROCIS计算开壳层的计算，我尝试将其用到我的体系，关键词如下
  1. ! B3LYP DKH2 DKH-def2-TZVP(-f) SARC/J RIJCOSX cpcm(Acetonitrile) TightSCF miniprint
  2. %basis
  3. NewGTO Gd "SARC-DKH-TZVP" end
  4. end
  5. %pal nprocs 32
  6. end
  7. %maxcore  3500
  8. %scf
  9. HFTyp ROKS
  10. ROHF_Case HighSpin
  11. ROHF_NEl[1] = 7
  12. Shift Shift 0.5 end
  13. TolMaxP 1e-6
  14. end
  15. %ROCIS
  16. NRoots 20
  17. MaxDim 5
  18. DoRI true
  19. ETol 1e-6
  20. RTol 1e-6
  21. MaxIter 100
  22. NGuessMat 512
  23. PrintLevel 3
  24. DoDFTCIS true #switches on the DFT/ROCIS method
  25. DFTCIS_c = 0.18, 0.20, 0.40 #Array input of the three parameters
  26. end
  27. * xyz   3   8
  28. Gd                 0.06346330    0.18707988    1.92885420
  29. ...
  30. end
复制代码




但是出现如下报错
  1. SHARK half integral transformation done. Total time =281.4 sec.

  3.    => returned from Coulomb half trafo

  5. [file orca_tools/SHARK/shark_setup_ri.cpp, line 82, Process 4]: Error (SHARK/SelectAuxBasis): AuxC requested but not present

  7. [file orca_tools/SHARK/shark_setup_ri.cpp, line 82, Process 26]: Error (SHARK/SelectAuxBasis): AuxC requested but not present

  9.    => RI-3-index matrix containers defined
  10. [file orca_tools/SHARK/shark_setup_ri.cpp, line 82, Process 26]: Error (SHARK/SelectAuxBasis): AuxC requested but not present

  12. [file orca_tools/SHARK/shark_setup_ri.cpp, line 82, Process 0]: Error (SHARK/SelectAuxBasis): AuxC requested but not present

  14. [file orca_tools/SHARK/shark_setup_ri.cpp, line 82, Process 0]: Error (SHARK/SelectAuxBasis): AuxC requested but not present

  16. [file orca_tools/SHARK/shark_setup_ri.cpp, line 82, Process 30]: Error (SHARK/SelectAuxBasis): AuxC requested but not present

  18. [file orca_tools/SHARK/shark_setup_ri.cpp, line 82, Process 30]: Error (SHARK/SelectAuxBasis): AuxC requested but not present

  20. --------------------------------------------------------------------------
  21. Primary job  terminated normally, but 1 process returned
  22. a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
  23. --------------------------------------------------------------------------
  24. --------------------------------------------------------------------------
  25. mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
  26. the job to be terminated. The first process to do so was:

  28.   Process name: [[28986,1],11]
  29.   Exit code:    55
  30. --------------------------------------------------------------------------

  32. ORCA finished by error termination in ROCIS
  33. Calling Command: mpirun -np 32  /home/software/program/orca-6.0/orca_rocis_mpi gdaq3-rocis.rocisinp.tmp gdaq3-rocis
  34. [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
  35.   .... aborting the run

  37. [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
  38.   .... aborting the run
复制代码


请问我的计算有问题没呀，再就是这个报错怎么解决了，谢谢大家啦~
作者
Author: wzkchem5    时间: 2024-9-1 10:28
报错已经说得很清楚了，AuxC requested but not present，需要指定一个/C辅助基组
Gd配合物没有S1、T1能级，因为Gd配合物的基态不是单重态，而是八重态，只有单重态才能用"S"表示，只有三重态才能用"T"表示。应当先和实验那边确认他们要算什么态
作者
Author: zjxitcc    时间: 2024-9-1 11:01
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-9-1 11:02 编辑

如果是你给我看的那篇文献，那不是'S1' 'T1'能级，做实验的不懂，你不能不懂。你给我看的文献里的Gd配合物，基态是八重态，最低的几个激发态有六重态、八重态和十重态，文献作者从八重态基态UDFT计算出发，做U-TDDFT计算获得各个激发态，激发态自旋多重度无法严格指认，但作者可能认为<S**2>接近31.5的就是八重态（这是我的猜测，因为作者没有明确说）。注意，作者没有称呼整个体系的激发态为S1、T1，而是整体仍为八重态，但认为配体可以被激发到S1或T1，采用的是复合符号8Gamma_1(S1)，左上角8是整体的八重态，括号里是作者认为配体被激发到S1态，作者从来没有声称整体变成了S1/T1。这些信息你在这里提问时全都没讲，存在巨大的误导性。我以为我当时解释得已经够详细了

另外，个别实验人员没有理论和计算化学基础，对做理论计算的人讲出一些毫无逻辑的话，你得用你的语言跟他们反复确认，弄清楚他们究竟想算什么，不能被牵着鼻子走、还以为自己搞错了。
作者
Author: 风起~    时间: 2024-9-1 11:21
zjxitcc 发表于 2024-9-1 11:01
如果是你给我看的那篇文献，那不是'S1' 'T1'能级，做实验的不懂，你不能不懂。你给我看的文献里的Gd配合物 ...

是的 我就是被他们搞懵了
我想请问一下 UTDDFT算出来的吸收光谱和实验的吸收谱是否可以对照呢
实验想要的能级 应该就藏在这里面了 （虽然我还没懂他们说的T1是个啥）
作者
Author: zjxitcc    时间: 2024-9-1 11:29
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-9-1 12:13 编辑
风起~ 发表于 2024-9-1 11:21
是的 我就是被他们搞懵了
我想请问一下 UTDDFT算出来的吸收光谱和实验的吸收谱是否可以对照呢
实验想 ...

对照当然可以对照，符合得如何就是另一码事了 因为这个影响因素很多，除了U-TDDFT的缺点，你优化基态结构的计算合理性、是否有恰当考虑溶剂等环境因素、体系是否过于柔性需要构象搜索，都影响计算出来的吸收谱。注意，我这不是劝你放弃，而是如何使自己的计算更严谨，考虑更多影响因素。
作者
Author: 风起~    时间: 2024-9-1 11:35
zjxitcc 发表于 2024-9-1 11:29
对照当然可以对照，符合得如何就是另一码事了 因为这个影响因素很多，除了U-TDDFT的缺点，你优化基态 ...

是的，影响因素太多了
我用MWB28和MWB53算出来的结构就差很多 我人都麻了
再扑腾两下子吧
作者
Author: 风起~    时间: 2024-9-1 11:41
本帖最后由 风起~ 于 2024-9-6 15:13 编辑
wzkchem5 发表于 2024-9-1 10:28
报错已经说得很清楚了，AuxC requested but not present，需要指定一个/C辅助基组
Gd配合物没有S1、T1能级 ...

很奇怪，同样的输入文件，我跑第二次就变成了SCF不收敛。我再试试

之前由于SCF不收敛 我就加
  1. Shift Shift 0.5 end
  2. TolMaxP 1e-6
复制代码

作者
Author: 风起~    时间: 2024-9-6 10:02
本帖最后由 风起~ 于 2024-9-6 15:15 编辑

我又调整了一下我的输入，去掉了
  1. HFTyp ROKS
  2. ROHF_Case HighSpin
  3. ROHF_NEl[1] = 7
复制代码

整体的输入变成了如下
  1. ! B3LYP def2-svp def2/J def2-SVP/C RIJCOSX cpcm(Acetonitrile) TightSCF miniprint
  2. %basis
  3. NewECP Gd "SDD" end  
  4. end
  5. %pal nprocs 64
  6. end
  7. %maxcore  3500
  8. %scf
  9. Shift Shift 0.5 end
  10. TolMaxP 1e-7
  11. end
  12. %ROCIS
  13. NRoots 30
  14. MaxDim 300
  15. DoRI true
  16. MaxIter 100
  17. PrintLevel 3
  18. DoLowerMult true
  19. DoHigherMult true
  20. end
  21. * xyz   3   8
  22. Gd                 0.06346330    0.18707988    1.92885420
  23. ...
  24. end
复制代码

但是结果明显的不对
  1. --------------------------------------------------------------------------------
  2.     ROOT    Mult      Excitation energy[Eh]           [cm-1]          [eV]
  3. --------------------------------------------------------------------------------
  4.      0       8            0.00000000                      0.00          0.000
  5.      1       8            35.88503596                7875855.03        976.481
  6.      2       8            35.88617103                7876104.15        976.512
  7.      3       8            35.88811842                7876531.55        976.565
  8.      4       8            35.88818509                7876546.18        976.567
  9.      5       8            35.88954629                7876844.93        976.604
  10.      6       8            35.88986177                7876914.17        976.613
  11.      7       8            35.88998288                7876940.75        976.616
  12.      8       6            35.90353700                7879915.54        976.985
  13.      9       6            35.90536669                7880317.11        977.035
  14.     10       6            35.90771890                7880833.36        977.099
  15.     11       6            35.90779199                7880849.40        977.101
  16.     12       6            35.90897375                7881108.77        977.133
  17.     13       6            35.90926518                7881172.73        977.141
  18.     14       6            35.90939185                7881200.53        977.144
  19.     15      10            37.35692320                8198896.94       1016.534
  20.     16       8            37.35758754                8199042.74       1016.552
  21.     17      10            37.35937586                8199435.23       1016.600
  22.     18       8            37.36054730                8199692.34       1016.632
  23.     19       6            37.36846029                8201429.04       1016.848
  24.     20       8            37.36992560                8201750.63       1016.887
  25.     21       6            37.37094510                8201974.39       1016.915
  26.     22       8            37.37275840                8202372.36       1016.964
  27.     23      10            37.37376327                8202592.91       1016.992
  28.     24       8            37.37429579                8202709.78       1017.006
  29.     25      10            37.37791300                8203503.67       1017.105
  30.     26       8            37.37815134                8203555.97       1017.111
  31.     27      10            37.37866703                8203669.16       1017.125
  32.     28       8            37.37892806                8203726.44       1017.132
  33.     29      10            37.38517236                8205096.91       1017.302
  34.     30       6            37.38634788                8205354.91       1017.334
  35.     31       8            37.38651164                8205390.85       1017.339
  36.     32       8            37.38786117                8205687.04       1017.375
  37.     33       6            37.38939047                8206022.68       1017.417
  38.     34       6            37.39023209                8206207.39       1017.440
  39.     35       8            37.39053606                8206274.11       1017.448
  40.     36       8            37.39129393                8206440.44       1017.469
  41.     37       8            37.39922390                8208180.87       1017.685
  42.     38      10            37.43926448                8216968.76       1018.774
  43.     39      10            37.44213498                8217598.76       1018.852
  44.     40       8            37.44375004                8217953.23       1018.896
  45.     41       8            37.44679029                8218620.48       1018.979
  46.     42      10            37.44690665                8218646.02       1018.982
  47.     43       6            37.45121279                8219591.11       1019.099
  48.     44      10            37.45300914                8219985.36       1019.148
  49.     45       6            37.45338213                8220067.23       1019.158
  50.     46       8            37.45387216                8220174.77       1019.172
  51.     47       8            37.45418889                8220244.29       1019.180
  52.     48      10            37.45480562                8220379.65       1019.197
  53.     49       8            37.45691952                8220843.59       1019.255
  54.     50       8            37.45888249                8221274.41       1019.308
  55.     51       8            37.46112252                8221766.04       1019.369
  56.     52      10            37.46133929                8221813.62       1019.375
  57.     53       8            37.46170736                8221894.40       1019.385
  58.     54       6            37.46214976                8221991.50       1019.397
  59.     55       8            37.46241086                8222048.80       1019.404
  60.     56       6            37.46341486                8222269.16       1019.431
  61.     57      10            37.46452880                8222513.64       1019.462
  62.     58       8            37.46506934                8222632.27       1019.476
  63.     59      10            37.46597337                8222830.68       1019.501
  64.     60       6            37.46871310                8223431.98       1019.576
  65.     61       6            37.47040089                8223802.41       1019.621
  66.     62       6            37.47608406                8225049.72       1019.776
  67.     63       6            37.47751202                8225363.12       1019.815
  68.     64      10            37.50581858                8231575.70       1020.585
  69.     65      10            37.50806736                8232069.25       1020.646
  70.     66      10            37.50945792                8232374.44       1020.684
  71.     67       6            37.51721846                8234077.68       1020.895
  72.     68       6            37.51859102                8234378.92       1020.933
  73.     69       6            37.52087625                8234880.47       1020.995
  74.     70      10            37.54290244                8239714.66       1021.594
  75.     71      10            37.54392685                8239939.49       1021.622
  76.     72      10            37.54548953                8240282.46       1021.665
  77.     73       6            37.54757289                8240739.71       1021.721
  78.     74      10            37.54931113                8241121.21       1021.769
  79.     75      10            37.55257579                8241837.72       1021.858
  80.     76      10            37.55326724                8241989.47       1021.876
  81.     77       6            37.55485429                8242337.79       1021.920
  82.     78       6            37.55702045                8242813.21       1021.978
  83.     79       6            37.55998910                8243464.75       1022.059
  84.     80      10            37.56100925                8243688.65       1022.087
  85.     81       6            37.56256232                8244029.51       1022.129
  86.     82      10            37.56391052                8244325.40       1022.166
  87.     83       6            37.56449169                8244452.96       1022.182
  88.     84      10            37.56515487                8244598.51       1022.200
  89.     85      10            37.59220575                8250535.49       1022.936
  90.     86      10            37.59420210                8250973.64       1022.990
  91.     87      10            37.59505974                8251161.87       1023.014
  92.     88      10            37.60319459                8252947.26       1023.235
复制代码


作者
Author: 风起~    时间: 2024-9-15 09:54
wzkchem5 发表于 2024-9-1 10:28
报错已经说得很清楚了，AuxC requested but not present，需要指定一个/C辅助基组
Gd配合物没有S1、T1能级 ...

请问一下哈，我的以下关键词是否有问题呀，24核的机器算了6天任务还没结束
! def2-svp def2/J def2-SVP/C RIJCOSX kdiis cpcm(Acetonitrile) TightSCF miniprint
#%moinp "rocis-mn15l.gbw"
%method
method dft
exchange mgga_x_mn15_l
correlation mgga_c_mn15_l
end
%basis
NewECP Gd "SDD" end  
end
%pal nprocs 24
end
%maxcore  16000
%scf
Shift Shift 0.6 end
TolMaxP 1e-7
end
%ROCIS
NRoots 30
MaxDim 300
DoRI true
DoDFTCIS true
PrintLevel 3
DoLowerMult true
DoHigherMult true
end
* xyz   3   8
作者
Author: wzkchem5    时间: 2024-9-15 11:54
风起~ 发表于 2024-9-15 02:54
请问一下哈，我的以下关键词是否有问题呀，24核的机器算了6天任务还没结束
! def2-svp def2/J def2-SVP/ ...

ROCIS比TDDFT慢好几倍是很正常的，可以根据这个结合你的体系大小，判断这个计算时间是否正常
作者
Author: 风起~    时间: 2024-9-15 16:08
wzkchem5 发表于 2024-9-15 11:54
ROCIS比TDDFT慢好几倍是很正常的，可以根据这个结合你的体系大小，判断这个计算时间是否正常

这个体系正常的TDDFT不到一个小时就可以算完，所以感觉是不是我的关键词有问题，，，
作者
Author: wzkchem5    时间: 2024-9-17 10:48
风起~ 发表于 2024-9-15 09:08
这个体系正常的TDDFT不到一个小时就可以算完，所以感觉是不是我的关键词有问题，，，

上传完整输出文件及stderr输出



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3