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标题: 求助：使用orca计算蛋白质与过渡金属弱相互作用，结合能为正 [打印本页]

作者
Author: TL131242 时间: 2024-8-31 21:59
标题: 求助：使用orca计算蛋白质与过渡金属弱相互作用，结合能为正
我使用gromacs进行分子动力学模拟，输出结果进行orca结合能计算。
这个是我的设置
%pal nprocs 32 end

! PBE0 D3 def2-TZVP def2/J RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop Pmodel
%maxcore 7200

同一种设置得出的结果有正有负
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我有以下几个问题想问问大家：
1：结合能为正对不对，弱相互作用能数值负几百有没有问题？
2：是否是gromacs输出的结构有问题导致结合能为正？
3：是否参数设置有问题？

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2024-9-2 00:19
你的第二个数值明显算错了，应该是负值。
第三个结构你应该去用orca优化下，可以用这个博文中的方法http://sobereva.com/597，抠出你感兴趣的位置，然后对边界位置进行freeze。然后在进行单点的计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-2 07:54
一方面由于力场本身精度很有限，另一方面由于热运动导致一些原子间瞬时的近距离接触，算出来相互作用能为正是很正常的情况，所以应当按照楼上说的先优化。另外，对于算结合能而非相互作用能的情况，每个单体也应当优化
记得给出数值时主动带上单位。

对于考察溶剂环境的情况，还应注意溶剂效应。

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