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标题: g16优化酶活性位点过程中各优化指标在不断振荡而不收敛 [打印本页]

作者
Author: 氪铷锶钇 时间: 2024-9-2 09:18
标题: g16优化酶活性位点过程中各优化指标在不断振荡而不收敛
本帖最后由氪铷锶钇于 2024-9-2 09:23 编辑

我对一个酶的活性位点根据文献构造的模型，对其进行了一个非天然氨基酸的取代，在优化过程中发现total energy,RMS grandient norm等优化结果都呈现震荡而非收敛，请问各位老师我应该做哪些调整？
我的输入关键字：
%nprocshared=48
%mem=500GB
#p opt=cartesian b3lyp/6-31g(d) scrf=read em=gd3bj g09defaults

.....

eps=4

感谢各位老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-2 10:43
写g09defaults没意义

当前只是eps=4的溶剂，优化时考虑溶剂模型不仅浪费时间，还没什么意义，还容易由于数值噪音导致难收敛

用簇模型计算酶的时候应当冻结截断处的原子，下文说了
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

有用的做法该说的都说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

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