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标题: 请问为什么在考虑溶剂化效应之后计算的体积比没有考虑溶剂化效应的大 [打印本页]

作者
Author: Aristotler 时间: 2016-12-27 11:19
标题: 请问为什么在考虑溶剂化效应之后计算的体积比没有考虑溶剂化效应的大
如题: 学生首先不知道计算分子体积的时候是否需要考虑溶剂化效应，于是尝试在溶剂化效应下计算了一下分子体积，和没有考虑溶剂化效应的体积对，竟然变大了，请问各位老师同学，这样的现象如何解释？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-27 16:40
计算体积的方法很多，见
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

你得说明你用的哪种体积计算方式，以及哪种方式考虑溶剂效应

作者
Author: Aristotler 时间: 2016-12-27 19:07

sobereva 发表于 2016-12-27 16:40
计算体积的方法很多，见
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

sobereva 老师我使用的通过蒙特卡罗方法计算Bader定义的分子范德华体积 SMD 方法来考虑溶剂化效应的。另外学生目前又遇到一个问题除了EPS 之外，还有什么类似的方法用于讨论静电相互作用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-28 08:41

Aristotler 发表于 2016-12-27 19:07
sobereva 老师我使用的通过蒙特卡罗方法计算Bader定义的分子范德华体积 SMD 方法来考虑溶剂化效应的。另 ...

直接用Multiwfn的定量分子表面分析功能来计算体积，博文里提到了，这比用蒙特卡罗方法严格准确得多。如果还这样到时候再说。而且还得注明体系，否则没法分析原因。

eps只是介电常数而已，不是讨论静电相互作用的方法。你如果问除了用隐式溶剂模型以外还怎么表现溶剂效应，那显然只有显式溶剂模型（或杂化溶剂模型）

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