计算化学公社

标题: 不同的两条链体系得到的Disper-corr完全相同是怎么回事儿 [打印本页]

作者
Author: Sunca 时间: 2024-9-2 15:29
标题: 不同的两条链体系得到的Disper-corr完全相同是怎么回事儿
我的体系是10条糖链和水，10条糖链的组成完全相同,我把要计算的链单独提取出来rerun,不同的两条链体系得到的Disper-corr完全相同是怎么回事儿
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-3 14:09
Disper-corr是色散校正，是对于整体而言的，搞清楚是什么含义。跟特定组的根据LJ公式常规方式算的色散作用能完全是两码事

作者
Author: Sunca 时间: 2024-9-4 13:41

sobereva 发表于 2024-9-3 14:09
Disper-corr是色散校正，是对于整体而言的，搞清楚是什么含义。跟特定组的根据LJ公式常规方式算的色散作用 ...

老师您好，我想计算两条链之间的相互作用大小，我是将两条链的轨迹从模拟得到的轨迹里提取出来，另外得到这两条链的tpr，然后rerun得到的edr文件：

其中的LJ-(SR)+Disper.-corr.就是链1、链2这两条链体系的范德华力作用能，Coulomb-(SR)+Coul.-recip.就是静电相互作用能。再各自对链1、链2同样的操作，最后用12体系总的范德华力作用能减去链1的范德华力作用能再减去链2的范德华力作用能，结果就是链1与链2之间的范德华力作用能。
这样操作对吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-5 11:07

Sunca 发表于 2024-9-4 13:41
老师您好，我想计算两条链之间的相互作用大小，我是将两条链的轨迹从模拟得到的轨迹里提取出来，另外得到 ...

你如果了解计算原理就会知道，Disper.-corr.和Coul.-recip.都是对整个模拟体系而言的，没法分解成组之间的贡献
并且，做能量分解时不应当用PME、Ewald等牵扯到倒易空间部分计算的方法算静电作用（Coul.-recip.对应的就是倒易空间部分），因为这部分没法分解成组之间的贡献

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