最近在做一个需要先docking后截取簇模型做DFT计算的课题，但是截取簇之后截断边界补氢和冻结太头疼了，于是想让脚本帮我找出截断边界的αC以及未饱和原子。我用的截取簇的命令是
PyMOL：select cluster, (resn UNL or (ligand around 10))
VMD：set cluster [atomselect top “resname UNL or (within 10 of resname UNL)”]
写脚本的时候，我以为10埃是以配体结构的中心点为基准点算的，所以让脚本打印8埃以外的αC，结果发现8埃外几乎涵盖了所有的αC，而最外层的αC离中心点都有14埃了。老师们知道VMD和PyMOL选择半径10埃的原子是以什么为基准的吗？我怕单纯增加脚本阈值不能适应所有情况。