计算化学公社

标题: 求助：如何用VMD仅显示xyz轨迹文件中碳碳键的变化 [打印本页]

作者
Author: pumpkin111 时间: 2024-9-2 21:01
标题: 求助：如何用VMD仅显示xyz轨迹文件中碳碳键的变化
刚开始接触VMD，我是用LAMMPS做聚合物热解的MD模拟，请问如果想直观看到碳碳键的演变，应该怎么设置呢？需要将xyz文件中的原子类型修改为元素名称吗？

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-9-3 10:14
首先你要知道的一点是,vmd判断成键关系也是根据两个原子间距离以及这两个原子半径之和来判断的
见社长的帖子
http://sobereva.com/534

如果你想直观看到碳碳键的演变,就观察轨迹的键长变化即可.
具体操作为
Mouse-Label-Bonds 也可以直接按数字"2"
此时鼠标就会变成十字,依次选择成键的两个原子,即可看到键长
Graphics-Labels 下拉选择Bonds,选中你的化学键,下方Graph中点击 "Graph.." 即可

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-3 12:00
“演变”指代不明
说清楚是观看轨迹时希望C-C成键关系如实变化，还是要考察C-C键的数目变化、长度变化还是什么其它的

规范的xyz文件里始终应当用元素名，下文说了
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477

作者
Author: pumpkin111 时间: 2024-9-3 14:32

sobereva 发表于 2024-9-3 12:00
“演变”指代不明
说清楚是观看轨迹时希望C-C成键关系如实变化，还是要考察C-C键的数目变化、长度变化还是 ...

您好，我的意思是体系中有C/H/O三种元素，但是想忽略另外两种元素，只在VMD界面上保留碳原子以及碳碳键

作者
Author: pumpkin111 时间: 2024-9-3 14:41

Loading0760 发表于 2024-9-3 10:14
首先你要知道的一点是,vmd判断成键关系也是根据两个原子间距离以及这两个原子半径之和来判断的
见社长的帖 ...

非常感谢您的回复。请问我打开label界面是空白的，命令行界面显示 no labels selected。请问这是什么原因呢？是前面缺了什么操作吗？

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-9-3 14:59

pumpkin111 发表于 2024-9-3 14:41
非常感谢您的回复。请问我打开label界面是空白的，命令行界面显示 no labels selected。请问这是什么原因 ...

那就是你没选中化学键

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-4 11:14

pumpkin111 发表于 2024-9-3 14:32
您好，我的意思是体系中有C/H/O三种元素，但是想忽略另外两种元素，只在VMD界面上保留碳原子以及碳碳键

如果你想让图形窗口只显示碳和碳碳键，选择语句用element C
看下文
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: pumpkin111 时间: 2024-9-4 11:26

sobereva 发表于 2024-9-4 11:14
如果你想让图形窗口只显示碳和碳碳键，选择语句用element C
看下文
VMD里原子选择语句的语法和例子

好的好的，非常感谢

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