计算化学公社

标题: 同一体系和相同设置的Cl-NEB任务，为什么计算时间相差较大？ [打印本页]

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Author: 科研好难 时间: 2024-9-3 09:23
标题: 同一体系和相同设置的Cl-NEB任务，为什么计算时间相差较大？
本帖最后由科研好难于 2024-9-3 17:06 编辑

各位老师，我用Cl-NEB搜索过渡态，计算两个任务，反应物结构是一样的，只是产物结构有所不同，在保持相同设置的情况下，我发现计算所需耗时有很大差异（见图），按经验来说不应该是这样的啊，望懂的老师指点一下，非常感谢！（输入文件在附件）

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作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-3 09:52
打个比方。你自己（同一个体系）吃饱了饭，从食堂出发（初始状态相同），去宿舍和去实验室（目的地不同）经过的时间是一样的吗？

作者
Author: orangesea 时间: 2024-9-3 09:53
本帖最后由 orangesea 于 2024-9-3 09:56 编辑

我用VASP有时会遇到同一个体系，电子步耗时相差十倍的情况，一般是结构不合理需要微调下结构，看看是不是有原子靠太近了。你可以看下电子步耗时

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Author: sobereva 时间: 2024-9-3 11:49
没上传输入文件
说清楚截图是哪个副本/NEB点的输出

作者
Author: 科研好难 时间: 2024-9-3 16:57

乐平发表于 2024-9-3 09:52
打个比方。你自己（同一个体系）吃饱了饭，从食堂出发（初始状态相同），去宿舍和去实验室（目的地不同）经 ...

是倒是这样的道理，不过之前也计算过很多这种情况，时间一般不会差太多的，主要是产物结构差距不大

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Author: 科研好难 时间: 2024-9-3 16:58

orangesea 发表于 2024-9-3 09:53
我用VASP有时会遇到同一个体系，电子步耗时相差十倍的情况，一般是结构不合理需要微调下结构，看看是不是有 ...

好的，谢谢，我去试试

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Author: 科研好难 时间: 2024-9-3 17:22

sobereva 发表于 2024-9-3 11:49
没上传输入文件
说清楚截图是哪个副本/NEB点的输出

sob老师，我重新上传了输入文件，麻烦再帮我看一下，截图都是BAND2的输出，其他副本也出现类似的结果

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Author: sobereva 时间: 2024-9-4 11:21

科研好难发表于 2024-9-3 17:22
sob老师，我重新上传了输入文件，麻烦再帮我看一下，截图都是BAND2的输出，其他副本也出现类似的结果

光从输入文件上无法判断
需要反复对比测试。大概率是运行环境因素，诸如用的运行命令不当、有其它任务在跑占着CPU资源等。另外，你设的各个NEB点的xyz文件看上去没有差异，&COORD部分的坐标差异并不影响结果

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