计算化学公社

标题: 求助：服务器脚本提交后显示找不到文件，加入绝对路径后又显示权限拒绝 [打印本页]

作者
Author: hsieh 时间: 2024-9-3 16:44
标题: 求助：服务器脚本提交后显示找不到文件，加入绝对路径后又显示权限拒绝
本帖最后由 hsieh 于 2024-9-3 19:04 编辑

如题，前提是跟组里用的是同一个脚本，只有我出现了报错。
脚本如下
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
提交之后显示错误
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
我查询之后，尝试过两种解决办法，一个是在脚本中加入了绝对路径，第二个是在.bashrc中加入了vasp_std的绝对路径。
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
但是出现了新的报错
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
但是最神奇的是，如果我直接运行mpirun vasp_std是不会出现报错的，但是提交脚本后，反而不行。
请教大家一下是什么原因，拜谢

作者
Author: hsieh 时间: 2024-9-3 16:51
补充一下.bashrc文件
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: abin 时间: 2024-9-3 16:51
Report

which vase_std

复制代码

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-9-3 17:36
在脚本里source bashrc文件呢

作者
Author: hsieh 时间: 2024-9-3 18:49

abin 发表于 2024-9-3 16:51
Report

(, 下载次数 Times of downloads: 2)
谢谢您的回答！这是我的运行结果，这个路径应该是我在bashrc里自己设置过了的。设置之后我有单独试着运行过mpirun vasp_std，是可以正常启动。然而脚本就报错了。
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: hsieh 时间: 2024-9-3 18:52

Loading0760 发表于 2024-9-3 17:36
在脚本里source bashrc文件呢

谢谢您的答复！
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
我在脚本中加入了 source ~/.bashrc,报错没有改变，仍然是
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
是不是我加入source ~/.bashrc的位置不正确呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-3 18:55

hsieh 发表于 2024-9-3 16:51
补充一下.bashrc文件

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: hsieh 时间: 2024-9-3 19:07

sobereva 发表于 2024-9-3 18:55
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

抱歉，已经编辑原贴进行补充了。

作者
Author: abin 时间: 2024-9-4 14:44

hsieh 发表于 2024-9-3 18:49
谢谢您的回答！这是我的运行结果，这个路径应该是我在bashrc里自己设置过了的。设置之后我有单独试着运 ...

脚本与~/.bashrc有啥关系呢？

你把相关设定，写脚本就行了。

作者
Author: bluewhale 时间: 2024-9-4 15:03
提示已经非常明确，/root/.../vasp_std （...denied)，将程序放在一个NFS共享目录！

作者
Author: hsieh 时间: 2024-9-5 10:35

abin 发表于 2024-9-4 14:44
脚本与~/.bashrc有啥关系呢？

你把相关设定，写脚本就行了。

谢谢您的回答，已经修改过了，问题已经解决

作者
Author: hsieh 时间: 2024-9-5 10:36

bluewhale 发表于 2024-9-4 15:03
提示已经非常明确，/root/.../vasp_std （...denied)，将程序放在一个NFS共享目录！

谢谢您的回答，按照您的建议把vasp_std放入自己的共享目录后，重新配置环境变量，问题已经解决！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)