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标题: Gromacs2023.5-Plumed2.10 模拟了15ns，依然没有副本交换 [打印本页]

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Author: 天青色 时间: 2024-9-3 19:33
标题: Gromacs2023.5-Plumed2.10 模拟了15ns，依然没有副本交换
大家好，在计算一个RNA的体系，一共有46万个原子，用的REST2方法做的计算，请教几个问题：

问题1. 在300-1000度之间插值了5个replicas. 算了15ns，没有一个副本交换，是不是代码有问题呢？

问题2：在md.log 文件中，为什么会有两行 dE_Term呢？分别表示什么意思呢？

step 1000: timed with pme grid 72 72 72, coulomb cutoff 1.375: 549367.2 M-cycles
Replica exchange at step 1000 time 2.00000
Repl 0 <-> 1  dE_term = -0.000e+00 (kT)
dplumed =  7.619e+02  dE_Term =  7.619e+02 (kT)
Repl ex  0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
Repl pr .00    .00    .00    .00    .00    .00    .00    .00    .00    .00

问题3：在用以下代码执行的时候，GPU使用率只有1%左右，有什么方法改进吗？或者原因是什么呢？谢谢啦！！！

def perform_rest2(repl_num):

directories = [f'rest2_{i}' for i in range(repl_num)]print ('directories=', directories)subprocess.run([ 'mpiexec', '--allow-run-as-root', '-np', f'{repl_num}', '--oversubscribe', 'gmx_mpi', 'mdrun', '-pin', 'on', '-s', 'topol.tpr', '-multidir', *directories, '-plumed', '../plumed.dat', '-replex', '200', '-hrex'])

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