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标题: 求助Amber拉伸分子动力学SMD输出文件中work的计算细节 [打印本页]

作者
Author: 梅卡瓦 时间: 2024-9-3 20:42
标题: 求助Amber拉伸分子动力学SMD输出文件中work的计算细节
Amber在运行拉伸分子动力学SMD之后的结果文件会给出四列数据，分别为[size=9.9626pt]x[size=7.3723pt]0[size=9.9626pt]([size=9.9626pt]t[size=9.9626pt])[size=9.9626pt], [size=9.9626pt]x[size=9.9626pt], [size=9.9626pt]force, work。对于work，手册解释为力在距离上的总和（[size=9.9626pt]Here work is computed as the integrated force over distances[size=9.9626pt]），但并没有进一步解释。我理解为force对第二列x做dx的积分 (见图)[size=9.9626pt]。但事实上我根据我理解自行编写的计算work的脚本得出的结果与Amber给出的相差甚远...
[size=9.9626pt]求教我的理解是否是错的以及Amber对work的具体计算公式是什么，感谢！

作者
Author: 梅卡瓦 时间: 2024-9-6 19:50
搞明白了，位移应该用牵引组的位置，试了下上式是对的，与Amber的实例文件可以对的上。

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