计算化学公社

标题: 大分子可以用径向分布函数RDF进行计算吗 [打印本页]

作者
Author: lyan66 时间: 2024-9-3 20:51
标题: 大分子可以用径向分布函数RDF进行计算吗
文献中看到其a，b图，是对两个大分子之间计算了径向分布函数函数，请问这合理吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-4 08:15
rdf本身没有什么合理不合理，关键在于解释的合不合理
很多人根本没搞懂rdf的定义和程序计算方式（尤其是两个选区之间每一对原子都会纳入计算并最后取平均这特别关键的一点），而对rdf产生错误理解，或者不当地使用rdf讨论问题

当前问题没体现出和GROMACS有任何必然联系，发帖时不要选择GROMACS分类。这次给你改了，以后注意

作者
Author: lyan66 时间: 2024-9-4 10:19

sobereva 发表于 2024-9-4 08:15
rdf本身没有什么合理不合理，关键在于解释的合不合理
很多人根本没搞懂rdf的定义和程序计算方式（尤其是两 ...

好的，谢谢社长

作者
Author: lyan66 时间: 2024-9-4 10:22

sobereva 发表于 2024-9-4 08:15
rdf本身没有什么合理不合理，关键在于解释的合不合理
很多人根本没搞懂rdf的定义和程序计算方式（尤其是两 ...

还想请问一下社长，如果要计算分子间的RDF，可以直接用gmx rdf直接计算嘛，还是需要在VMD中用脚本计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-4 11:47

lyan66 发表于 2024-9-4 10:22
还想请问一下社长，如果要计算分子间的RDF，可以直接用gmx rdf直接计算嘛，还是需要在VMD中用脚本计算。

可以
VMD自带的rdf插件也可以算，还有图形界面，一般情况完全不需要自己写脚本

作者
Author: lyan66 时间: 2024-9-4 13:00

sobereva 发表于 2024-9-4 11:47
可以
VMD自带的rdf插件也可以算，还有图形界面，一般情况完全不需要自己写脚本

谢谢解惑!

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