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标题: 用Amber软件出现报错： [AMBER] PrmtopError:Complex natom != receptor natom [打印本页]

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Author: liuliuliu666 时间: 2024-9-3 21:14
标题: 用Amber软件出现报错： [AMBER] PrmtopError:Complex natom != receptor natom
用Amber软件进行结合自由能的计算和分解，出现报错： [AMBER] PrmtopError: Complex natom != receptor natom + ligand natom，官方回复的解决是"You may need to double/triple check that the file names you are givingto the mm-pbsa script match those listed above. (E.g. the complex andreceptor seem to be called "c13" and "r13", but the ligand is called"13"--is that last a typo?) The number of atoms is the first numberin the prmtop file, so you can use the "head" command as well to checkthings." 但还是不太懂具体要怎么操作，是prmtop文件有什么问题嘛?

下面附上我的四个prmtop文件，以及mmpbsa脚本
MMPBSA.py -O -i MMPBSA_nmode.in -o result.dat -do nmode_result.dat -sp com-wat.prmtop -cp com.prmtop -rp receptor.prmtop -lp lig.prmtop-y prod_out.dcd MMPBSA.py -O -i MMPBSA_decomp.in -o result.dat -do decomp_result.dat -sp com-wat.prmtop -cp com.prmtop -rp receptor.prmtop -lp lig.prmtop -y prod_out.dcd
希望大家不吝赐教，谢谢大家

作者
Author: student0618 时间: 2024-9-3 23:16
他就是叫你检查一下每个prmtop有多少个原子，那数字可以在文件顶部找到。

作者
Author: liuliuliu666 时间: 2024-9-4 10:04

student0618 发表于 2024-9-3 23:16
他就是叫你检查一下每个prmtop有多少个原子，那数字可以在文件顶部找到。

找到了，com.prmtop总数是3216，receptor.prmtop总数是3140，lig.prmtop是78，加起来确实3218，不符合，求教下一步具体怎么改,谢谢

作者
Author: 18217265596 时间: 2024-9-4 10:17

liuliuliu666 发表于 2024-9-4 10:04
找到了，com.prmtop总数是3216，receptor.prmtop总数是3140，lig.prmtop是78，加起来确实3218，不符合， ...

你自己做的parm 做错了
要么自己检查结构要么重做这是很自然的下一步。

作者
Author: student0618 时间: 2024-9-4 10:49

liuliuliu666 发表于 2024-9-4 10:04
找到了，com.prmtop总数是3216，receptor.prmtop总数是3140，lig.prmtop是78，加起来确实3218，不符合， ...

用正确的mask跑一遍ante-MMPBSA.py 拿正确的prmtop，确定无误再用这些新的 prmtop跑MMPBSA.py

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