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标题: 求助，基于Sobtop产生的MOF拓扑文件在动力学过程中报错 [打印本页]

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Author: 球接子 时间: 2024-9-18 21:55
标题: 求助，基于Sobtop产生的MOF拓扑文件在动力学过程中报错
本帖最后由球接子于 2024-9-18 21:55 编辑

各位老师好，我尝试模仿卢老师在sobtop主页中给出的MOF-5一例进行UIO-66的模拟，使用cp2k做的优化和振动分析并构建了拓扑文件，然后用文中给出的md_PBC.mdp文件进行的动力学模拟，果不其然发生了FAQ 8里的老生常谈的问题，什么都不改的情况下就是产生一堆step****.pdb的文件，然后我尝试过改小步长，去掉约束，结果模拟一步没走就直接停掉了，去掉控压或是温度低到50K又是产生一堆step****.pdb的文件，结合VMD观看轨迹这一步我应该是检验不了，就没产生轨迹，只有一个一帧的xtc文件，然后结构上我看不太明白哪里有问题，gromacs学的太差了

。请各位老师不吝指点，然后我的描述哪里不清楚的话也烦请各位老师指出，我补充一下情况，谢谢大家！

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Author: sobereva 时间: 2024-9-18 21:59
该考虑什么在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里都明确、完整说了，没有可补充的，显然不能不检查拓扑文件的合理性

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Author: 球接子 时间: 2024-9-18 22:30

sobereva 发表于 2024-9-18 21:59
该考虑什么在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里都明确、完整说了，没有可补充的，显然不能不检查拓扑 ...

谢谢卢老师提醒，由于是基于振动分析产生的拓扑文件，我自始至终都没往这方面怀疑过，我去好好检查一下

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Author: 球接子 时间: 2024-9-19 17:20

球接子发表于 2024-9-18 22:30
谢谢卢老师提醒，由于是基于振动分析产生的拓扑文件，我自始至终都没往这方面怀疑过，我去好好检查一下

老师您好，我检查了主top文件和itp文件，[atoms]字段顺序没有问题。其他字段我是对着Gview看的，[pairs]字段没产生，我不明白是为什么，不知道这是不是导致模拟报错的原因；然后[angles]字段我看了一下手册里funct 1的定义觉得应该没啥问题；[dihedrals]字段本来用的是funct 2，我想替换成funct 4 或funct 9用于周期性体系，结果出现如下字段，Incorrect number of parameters - found 2, expected 3 or 6 for Proper Dih.(after the function type).我也确实没搞明白应该不是单纯的把2换成4或9，参数应该也要变。
学生愚笨，确实没看出什么哪里有问题，怀疑有问题的地方也找不出解决方法，希望卢老师和各位老师能再多多指教一下，非常感谢

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