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标题: gromacs中如何建立固体表面体系和离子液体体系 [打印本页]

作者
Author: pu1p 时间: 2024-9-4 21:00
标题: gromacs中如何建立固体表面体系和离子液体体系
各位老师好，请问gromacs中如何建立碳酸钙固体表面的的体系，应该如何设置冻结呢；另外离子液体的分子模型应该如何建立，这两者又该采用什么力场比较合适？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-5 09:03
基于晶体cif文件在Multiwfn（参考下文）或VESTA等程序里扩胞到足够大，扩出一定的真空区，然后保存pdb文件
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

怎么冻结看具体目的。没有必然性一定要设冻结

自己在GaussView里画离子液体的阴/阳离子，保存成mol2文件，用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF/GAFF2力场的拓扑文件。常见的离子液体在文献里也有一些现成的力场可用，诸如OPLS-2009IL

作者
Author: pu1p 时间: 2024-9-6 12:46
老师请问碳酸钙晶体的拓扑文件如何生成呢，除了参照Sobtop中例9那样去找理论文献的参数，是否还有其他的方法

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